為依法規范推進動物流行病學調查工作，掌握高致病性禽流感、口蹄疫等主要動物疫病發生規律，判斷動物疫病發生風險和流行趨勢，科學評估動物疫病流行狀況和防控效果，提升重大動物疫病預測預警、風險防范、應急處置能力和防控水平，根據《2011年國家動物疫病監測計劃》，農業部組織制定關于日前下發了《2011年全國高致病性禽流感和口蹄疫等主要動物疫病流行病學調查方案》。

該方案依據不同調查目的和任務，設置了以下4種調查方式：

緊急流行病學調查。出現以下情況之一時啟動緊急流行病學調查：懷疑或確認發生高致病性禽流感等重大動物疫病；懷疑或確認發生瘋牛病等外來動物疫病；豬瘟等主要動物疫病流行特征出現明顯變化；牛瘟、馬鼻疽等已消滅或基本消滅疫病再次發生；較短時間內出現導致較大數量動物發病或死亡且蔓延較快的疫病，或懷疑為新發病。

定點流行病學調查。中國動物衛生與流行病學中心和省級動物疫病預防控制機構要在重點地區（以國家動物疫情測報站、邊境疫情監測站所在地為主體）設置流行病學調查點，持續監視動物養殖、免疫、流通、屠宰環節的風險因素變化情況，結合特定動物疫病的血清學和病原學監測結果，預測疫情發展趨勢，評估疫病防控效果，提高防控工作的針對性。

專項流行病學調查。針對重大動物疫病防控中遇到的特定問題，中國動物衛生與流行病學中心和相關省級動物疫病預防控制機構適時啟動專項調查研究，為畜牧獸醫主管部門提供決策咨詢。

指定流行病學調查。存在外來病、新發病發生風險，或自然災害、環境氣候變化等因素對動物疫病發生流行造成影響，或重大節日、大型賽事和重要活動期間需要評估疫情發生風險時，農業部和省級畜牧獸醫行政主管部門可根據需要指定開展動物流行病學調查。