用藥前要根據藥物在畜禽體內的半衰期確定用藥劑量和療程。給藥劑量要恰到好處，劑量過小起不到治療作用，易使細菌產生抗藥性；劑量過大，不僅造成浪費，還可能引起嚴重的毒副反應。療程過短，病原菌的生長繁殖只能被暫時抑制，一旦停藥，受抑的病原體又會重新生長繁殖，其后果是疾病復發或轉為慢性。1次藥物連續使用時間必須在一個療程以上。不可用藥1～2次就停藥或急于調換藥物品種。長期使用單一抗菌藥不但浪費，還可能導致耐藥菌株產生及引起毒副反應。

常用給藥方法：拌料、飲水、注射及氣霧給藥等。同一種藥物給藥途徑不同，會產生不同的效果，選好給藥途徑可事半功倍。如治療呼吸道感染應用新霉素、鏈霉素時應采用氣霧給藥，腸道感染則必須采用內服給藥。采用飲水給藥要考慮藥物的溶解度和畜禽的飲水量，確保畜禽吃到足量的藥物。拌料給藥應按遞增混合法將藥物與飼料充分混勻，尤其是安全范圍小、劑量較小的藥物更應混勻，以免動物采食藥量過小起不到防治作用或因進食藥量過大而中毒。對嚴重感染病例多采用注射法給藥，對零星散養的家畜，注射給藥療效更為可靠。

聯合用藥目的在于增強藥物療效，減少、消除不良反應或防止細菌產生耐藥性或分別治療不同的癥狀與并發癥。對混合感染或不能進行細菌學診斷的病例，聯合用藥可擴大抗菌范圍。但要注意不可濫用，濫用抗菌藥可能造成不良后果，增加不良反應的發生率，導致二次重感染、耐藥菌株增多。