豬流感由正粘病毒科中A型流感病毒引起。流感病毒呈多形態，有球形、絲狀或不規則狀，中等大小，有囊膜。囊膜表面上突出的糖蛋白，通常稱為“纖突”，是主要的表面抗原，由血凝素（H）和神經氨酸酶（N）兩種組成。血凝素與病毒吸附紅細胞有關，并引起紅細胞凝集，還能誘導病毒囊膜與細胞膜融合。神經氨酸酶能使病毒從紅細胞上下來，也可使病毒從感染的細胞中釋放出來。病毒基因組是由8個單股RNA段組成，編碼10種病毒蛋白。根據H和N蛋白的抗原性關系，流感病毒被分為A、B或C型。迄今所有A型流感病毒中已鑒定有15種血凝素和9種神經氨酸酶。在豬中廣泛流行的3個最常見的流感亞型是H1N1、類禽源H1N1、類人源H3N3。最近報導從豬分離到H3N2亞型。流感病毒對干燥和低溫抵抗力強大，凍干或-70℃可保存數年，60℃20分鐘可被滅活，一般的消毒藥都有很好的殺滅作用。病毒對碘特別敏感。
