發酵床的溫度主要與水分和通透性有關，有時表現為單因素影響，有時表現為雙因素同時產生影響。

(1)如果水分偏高和(或)墊料過于疏松時，發酵強度會加大，溫度就會過高，常用的處理方法就是將墊料稍微壓實，或者補充部分干料后將墊料稍微壓實。

(2)水分偏低和墊料透氣性稍差時，發酵產生的溫度向空氣擴散慢，往往會形成局部高溫，通常可以通過采取適當補充水分、增強墊料通透性的措施來解決。

(3)水分過高或過低時，也會導致發酵床溫度過低，解決的辦法就是調節好水分。

(4)墊料通透性過低，發酵床溫度也低，這時就要通過疏松墊料，來增加墊料發酵強度，從而提高發酵床溫度。