免疫程序的制定要考慮豬只的用途、年齡、母源抗體水平、飼養條件、疫苗的種類、性質、免疫途徑等因素，特別是目前混合感染率逐年升高，一定要注意聯合及多重免疫。目前我國研制的豬傳染性胃腸炎與輪狀病毒弱毒疫苗，對3日齡仔豬主動免疫效果很好，在母豬分娩前5至6周和1周各肌注或鼻內接種一次后，則對3日齡哺乳仔豬的被動免疫保護率達百分之95以上；在每年秋天來臨后，對新生仔豬吃乳前肌注疫苗至少30分鐘后才能吃初乳。仔豬斷奶前7至10天，架子豬、肥育豬和公豬肌肉注射疫苗一次即可。

對于流行性腹瀉，可應用豬流行性腹瀉氫氧化鋁滅活苗，對妊娠母豬于產仔前20至30天接種4毫升，25公斤以下的仔豬接種1毫升，25至50公斤育成豬接種2毫升，50公斤以上成豬接種4毫升，接種部位為后海穴，接種后15天產生免疫力。