壞死性腸炎是由Clostridium perfringens(產氣莢膜梭菌)產生的毒素引起的。產氣莢膜梭菌生長在肉雞的小腸部位。它是一種細菌,厭氧條件下生長,并生產出能夠抵抗干燥、熱、算以及其他不利條件的孢子。由這種細菌產生的孢子在水、土壤、飼料、糞便以及其他環境內隨處可見。雖然,少數產氣莢膜梭菌在健康家禽的小腸部位也能普遍發現,但是它們不會致病。在正常情況下,腸道內的有益菌能夠保持腸道內的產氣莢膜梭菌數量很低。
但是,當小腸內的條件發生變化時,產氣莢膜梭菌數量會增加,會產生過量毒素導致疾病發生。任何能對小腸產生刺激的因素都可以導致壞死性腸炎的發生,應激;腸道疾病(尤其是寄生蟲病);腸道寄生蟲(尤其是線蟲);霉菌產生的免疫抑制劑(毒枝菌素);雞貧血病毒;甘保羅病或者馬立克氏病尤其與這種病有聯系。