1900年代早期，禽流感在意大利被首次確認。1960年1000多只普通燕鷗在南非死亡，這是第一次發現禽流感引發的高死亡率案例，屬于H5N3型。

根據聯合國環境規劃署遷徙物種公約工作組公布的技術文件指出，H5N1亞型禽流感的源頭來自集中飼養的家禽，極端的飼養環境造成病毒的變異，鳥類貿易、濫用疫苗、運輸等人類活動也對禽流感病毒的變異有著推動的作用。野外研究顯示，絕大多數罹患禽流感的野生鳥類，都是在遷徙、越冬和繁殖過程中與人類飼養的家禽有近距離接觸的物種，而那些自始至終遠離人類社會的野生鳥類，即便是水鳥，并且保持很高的種群密度，至今仍未有禽流感爆發的報告。

源自飼養場的病毒感染野生鳥類，尤其是水鳥，這使得病毒隨著鳥類遷徙而發生擴散。2003年末到2004年初在東亞爆發的禽流感被認為驗證了候鳥傳播病毒的假設：疫癥先在韓國南部，候鳥的中途站出現，然后途經香港，最后到達越南。由于香港相對衛生環境較好，以及先前已具有對付疫癥的經驗，病癥并未有在當地造成大規模爆發。但衛生環境相對較差的越南，不單使禽鳥死亡，還對人類造成影響。至2004年1月底已有接近20人死亡。然而鳥類學者則指出，根據西伯利亞－東亞－澳大利亞鳥類遷徙通道的規律，早在每年的11月末到12月初候鳥就已經基本完成從北向南的遷徙，此前在香港進行的無線電定位跟蹤研究也顯示，在仲冬季節幾乎沒有鳥類遷飛的活動。另據觀測，絕大部分水鳥的越冬地位于北緯20度以北地區，只有白眉鴨和針尾鴨會遷至越南，然而其過境時間卻在12月初。鳥類學者普遍認為從時間和空間上，2003年底爆發的禽流感與候鳥遷徙并無重疊，故此大部分鳥類學者并不認同候鳥傳播病毒的說法。

被指傳播禽流感病毒的不僅僅是候鳥，據2005年10月27日第三屆非歐亞遷徙性水鳥保護協定締約國大會公報指出，攜帶和傳播禽流感病毒的途徑除了候鳥的遷徙外，還有牲畜的運輸、家禽和籠鳥運輸、與這行業相關的活動、合法或非法的鳥類貿易以及人類的交通。

在家禽中鴨、鵝一旦受到感染，抗病能力比較高之余，病發后的生存機會也很高。然而，雞只對流感病毒非常敏感，一旦受到感染的話，不單止傳播得快，而且染病的雞很快就會死亡。農民過去一般稱這種現象為“發雞瘟”，并未有特別留意背后的原因或病發的機制，直到出現禽流感經動物向人傳播并至死的病例后，人們才開始關注禽流感。目前人們應對禽流感的主要手段，是對染病以及可能染病的家禽集體屠殺后進行消毒深埋等無害化處理，以免病毒積累，并進而影響人類。

在2004年和2005年的禽流感疫情中，也有媒體指出禽流感病毒源自野生鳥類并傳播至飼養場，進而傳給人類。建議加強對候鳥遷徙的監控，少數激進者甚至主張在撲殺家禽之外對遷徙的候鳥進行撲殺，但這種說法并未獲得鳥類學者的認可，撲殺候鳥的建議更招致環保團體的反對。