羊舍等消毒每年春秋各一次。羊舍常用的消毒藥物和消毒方法如下：

①用生石灰加水配成10％～20％石灰乳，適用于消毒口蹄疫、傳染性胸膜肺炎、羔羊腹瀉等病原污染的圈舍、地面、用具及排泄物等。②3％～5％來蘇爾溶液可供羊舍、用具和排泄物的消毒；2％～3％來蘇爾溶液用于手術器械及洗手消毒。③0.5%過氧乙酸溶液用于噴灑地面、墻壁和食槽等。④1%～2%的氫氧化鈉溶液用于被細菌、病毒污染的圈舍、地面和用具消毒。⑤0.5%～2%氯胺溶液用于被污染的器具和圈舍消毒。羊舍消毒應分兩步走。先清掃，后用消毒液噴灑地面、墻壁和天花板；產房應在產羔前、中、后期進行多次消毒；病羊舍入口應有消毒池或浸有消毒液（2%～4%氫氧化鈉溶液等）的麻袋片或草墊。門衛消毒：在出入口處經常放置浸有2%～4%的氫氧化鈉或10%的克遼林消毒液的麻袋片或草墊。地面消毒：主要指運動場地面消毒。

每年春秋各消毒1次。可用含2.5%有效氯的漂白粉溶液、4%福爾馬林或1%氫氧化鈉溶液噴灑消毒。糞便污水消毒：主要采用生物熱消毒法。即離羊舍100米以外把糞便堆積起來，上面覆蓋10厘米厚的沙土，發酵1個月后即可。污水應引入污水處理池，加入漂白粉（或生石灰）進行消毒。消毒藥用量視污水量而定，一般每升污水用2克～5克漂白粉。