綠頭野鴨的呼吸系統包括鼻腔、喉、氣管、肺及氣囊等。

鼻腔：短而狹窄，由鼻中隔將其分為兩半鼻腔，鼻腔后孔通咽。鼻孔位于喙基部的背側面上，鼻孔周圍有柔軟的蠟膜，因鼻中隔達不到此處，故兩鼻孔是相通的。

喉：由環狀軟骨和一對勺狀軟骨支持。在氣管的分枝處有一特殊的骨質鳴腔泡，謂之鼓室，為發聲部位。

氣管：由很多軟骨環構成。幼齡時，此軟骨為小片，隨年齡的增長而成為完整環。老齡鴨幾乎全部骨化。

肺：緊貼于脊柱與肋骨，且1 / 4 部分在肋間隙內。呼吸時，氣體經過肺運行并沿肺內管道進出氣囊。

氣囊：是容納空氣的膜質囊。氣囊的一端與支氣管相連，另一端與四肢骨骼和其他骨骼相交。氣囊共有9 個：即一對頸氣囊、一對前胸氣囊、一對后胸氣囊、一對腹氣囊和一個鎖間氣囊。此外，尚有許多自氣囊分出的小管通入肌肉、皮下和骨腔內。氣囊具有貯存氣體、增加空氣的利用率的功能，以調節體溫，減輕體重，增加浮力等。