綠頭野鴨的泌尿系統由腎和輸尿管組成。腎分前、中、后3葉，前葉最大。整個腎臟嵌入脊柱與骼骨形成的陷窩內。雌鴨的右腎稍大于左腎。腎由無數彎曲的腎小管所構成，每一腎小管的末端擴大凹陷成雙層囊，囊內為血管球（腎小球），腎小管與腎小球合稱腎單位。腎單位是腎臟的基本功能單位。腎小管連接集合管，后者又匯合成較大的集合管，最后導向輸尿管。無腎盂和膀朧。

輸尿管起始于前葉幾個較大的集合管，從中葉起沿腎內側緣處向后行，最后開口于泄殖腔。輸尿管的管壁較薄，常因管內含有尿酸鹽結晶而呈白色。輸尿管的作用是生成和排出尿液。

腎臟從血液中濾出水分和一些被機體利用過的物質，隨同代謝產物排于尿中，尿液通過重吸收再保留身體所需的葡萄糖、水分及其他物質，借助這些過程使腎臟成為一個重要的保持平衡的機構。因此，腎臟在調整體液的酸堿平衡和維持滲透平衡中起著重要的作用。