綠頭野鴨的皮膚較薄，由表皮、真皮和皮下組織組成。皮膚無汗腺和皮脂腺，僅在尾綜骨背側有一對發達的卵圓形的尾脂腺，能分泌出一種脂肪樣物質，可保護羽毛，使羽毛光滑，并能防水。尾脂腺內還含有7-脫氫膽固醇，這種膽固醇經紫外線作用，能轉變成野鴨所需要的維生素D3。當涂在羽毛上時可被皮膚吸收。

綠頭野鴨的皮膚在趾間形成皮膚褶，稱為蹼。

羽毛是綠頭野鴨皮膚的重要衍生物，按其結構可將羽毛分為3 種。

(  1 ）真羽：由羽軸和羽片組成。羽軸埋入皮膚的部分稱羽根，構成羽片部分稱羽干。從羽干向兩側分出平行的羽枝，羽枝上再分出羽小枝，羽小枝再分出帶有鉤狀突的羽纖枝。羽小枝通過羽纖枝上的鉤狀突，相互聯結而成片狀，稱為羽片。

( 2 ）絨羽：有羽軸、羽枝、羽小枝，但羽小枝與分出的羽纖枝間相互不勾結，故不成羽片。

( 3 ）發羽：無羽軸、羽片之分，形似頭發。

雄性綠頭野鴨在頸的上段具有翠綠色的羽毛，而雌鴨則無。羽毛的顏色主要取決于羽毛內的色素顆粒。