壞死性腸炎是由Clostridium perfringens（產(chǎn)氣莢膜梭菌）產(chǎn)生的毒素引起的。產(chǎn)氣莢膜梭菌生長(zhǎng)在肉雞的小腸部位。它是一種細(xì)菌，厭氧條件下生長(zhǎng)，并生產(chǎn)出能夠抵抗干燥、熱、算以及其他不利條件的孢子。由這種細(xì)菌產(chǎn)生的孢子在水、土壤、飼料、糞便以及其他環(huán)境內(nèi)隨處可見(jiàn)。

雖然，少數(shù)產(chǎn)氣莢膜梭菌在健康家禽的小腸部位也能普遍發(fā)現(xiàn)，但是它們不會(huì)致病。在正常情況下，腸道內(nèi)的有益菌能夠保持腸道內(nèi)的產(chǎn)氣莢膜梭菌數(shù)量很低。但是，當(dāng)小腸內(nèi)的條件發(fā)生變化時(shí)，產(chǎn)氣莢膜梭菌數(shù)量會(huì)增加，會(huì)產(chǎn)生過(guò)量毒素導(dǎo)致疾病發(fā)生。

任何能對(duì)小腸產(chǎn)生刺激的因素都可以導(dǎo)致壞死性腸炎的發(fā)生，應(yīng)激；腸道疾病（尤其是寄生蟲(chóng)病）；腸道寄生蟲(chóng)（尤其是線(xiàn)蟲(chóng)）；霉菌產(chǎn)生的免疫抑制劑（毒枝菌素）；雞貧血病毒；甘保羅病或者馬立克氏病尤其與這種病有聯(lián)系。