基因工程疫苗重組活載體疫苗病毒活載體疫苗研究得較多，如用雞痘病毒作為載體，表達成功的保護性抗原基因的就有新城疫病毒、傳染性法氏囊病病毒、馬立克氏病病毒、禽網狀內皮組織增生癥病毒、狂犬病病毒、傳染性支氣管炎病毒、艾美爾球蟲等。2005年12月24日，農業部在北京宣布，我國已成功研制出禽流感新城疫重組二聯活疫苗，并正式批準生產，這使得我國在高致病性禽流感防控技術方面繼續走在世界前列。基因工程亞單位疫苗已經制成并用于生產的主要有口蹄疫基因工程亞單位疫苗、雞傳染性法氏囊病基因工程亞單位疫苗，用于預防仔豬和犢牛下痢的大腸桿菌菌毛基因工程重組亞單位疫苗。基因缺失疫苗目前已有多種基因缺失疫苗問世，如偽狂犬病基因缺失疫苗、霍亂弧菌基因缺失疫苗、大腸桿菌基因缺失疫苗等。核酸疫苗現已研制成功的主要有豬繁殖與呼吸綜合征核酸疫苗。在病毒性傳染病方面的研究成果，有牛皰疹病毒、牛病毒性腹瀉病毒、豬瘟病毒、口蹄疫病毒、輪狀病毒、禽流感病毒、偽狂犬病病毒、狂犬病病毒。在細菌性傳染病方面，有結核桿菌、肺炎球菌、破傷風桿菌、布魯氏菌、肺炎霉形體。在寄生蟲病方面，有囊蟲、血吸蟲、球蟲、絳蟲、錐蟲、弓形蟲和隱孢子蟲。合成多肽疫苗目前研究較多的有口蹄疫病毒、犬細小病毒、狂犬病病毒、流感病毒等。因為制造成本較高，合成多肽疫苗投放市場的不多。抗獨特型抗體疫苗針對乙型肝炎病毒、狂犬病病毒、新城疫病毒等抗獨特型抗體的研究較為活躍，但因其使用技術還不成熟，故臨床應用尚需時日。病毒抗體復合物疫苗這類疫苗含有病毒和抗體兩種成分，雖然作用機制和方式還不太清楚，但免疫確實可靠，且安全性好。這類疫苗曾經使用的有豬瘟病毒抗體復合物疫苗、牛病毒性腹瀉病毒抗體復合物疫苗、傳染性法氏囊病毒抗體復合物疫苗，用于豬瘟、牛病毒性腹瀉、雞法氏囊病的免疫。

二十世紀九十年代，國外研制成功了雞新城疫抗體復合物疫苗。轉基因植物疫苗轉基因植物疫苗使用了高等植物作為載體，有的植物是可以生食的，如黃瓜、胡蘿卜、番茄等，有的植物可以作為飼料使用，如玉米、大豆等。已成功表達的抗原有大腸桿菌熱不穩定毒素B亞單位、霍亂弧菌腸毒素B亞單位、乙型肝炎表面抗原、兔出血熱病毒VP60蛋白、口蹄疫VP1蛋白、傳染性胃腸炎病毒S蛋白、狂犬病病毒G蛋白等。這類疫苗的效果好，成本低，疫苗的植物載體易于保存，使用方便，市場潛力巨大，發展前景十分廣闊。T細胞疫苗用T細胞進行疫苗接種，這是近幾年的新思維、新設想，在動物實驗中取得了較理想的免疫效應。這類疫苗屬于多肽疫苗，在治療自身免疫性疾病和抗移植排斥反應中有獨特的優越性。