疫苗接種是目前預防口蹄疫的有效手段，安全有效的疫苗是成功預防控制口蹄疫疫情的先決條件。但在實際工作中，很多因素對動物疫苗免疫效果產生不良影響，有的甚至會導致免疫失敗，往往存在免疫密度與效果之間的反向效應，主要原因就是有關方面對影響與制約免疫效果的諸多因素，始終未引起足夠的重視或因特定條件的限制難以做到位，而非疫苗質量方面影響家畜口蹄疫疫苗免疫效果的因素很多。因此，全面了解和掌握影響家畜口蹄疫免疫效果的不利因素，抓住關鍵控制點，有限規避其不良影響，對提高口蹄疫的免疫質量，促進動物防疫工作更好地開展具有十分重要的意義。免疫程序合理的免疫程序能最大限度地發揮疫苗的性能，通過多年的實踐經驗證明，除弱毒疫苗只需一次免疫外，現在的滅活苗一次免疫效果始終不理想。一般情況下一次免疫后，血清抗體效價較低且持續時間短，不足以抵抗口蹄疫病毒的攻擊；二次免疫后，抗體水平大大提高，免疫持續期也較長，免疫保護期可達6個月以上。母源抗體豬、牛、羊出生后都能從注射過口蹄疫疫苗的母體獲得不同程度的母源抗體水平，但如果沒有及時進行疫苗免疫，一段時間（如新生仔豬30日齡左右、新生犢牛80日齡左右、新生羔羊30日齡左右）之后抗體水平就無法抵抗強毒的攻擊。年齡差異不同年齡的動物免疫口蹄疫疫苗后抗體消長情況不同，青年動物在免疫后抗體維持時間較長，而成年動物和幼年動物相對較短。這可能是青年動物的體質和免疫應答比成年動物和幼年動物好有關。不同動物由于種類、品種不同，注射疫苗后產生抗體的情況也不向。多年的實踐經驗證明，山羊產生抗體的比例最高，牛次之，豬最差。注射劑量實際注射計量的準確性直接影響疫苗免疫后的效果。因此，注射疫苗時應嚴格做到注射前充分搖動疫苗瓶，確保吸取的疫苗完全均勻；注射器和針頭等會殘留一些疫苗，抽吸疫苗時應在準確劑量的基礎上多吸10％左右，確保注射到動物體內的疫苗劑量達到要求。多種疫苗注射多種疫苗注射有可能對抗體的產生造成不利影響，容易造成免疫效果不好或免疫失敗。兩種以上疫苗同時接種，通常會因疫苗間相互抑制，或出現一種疫苗壓制干擾另一種疫苗的現象，影響免疫效果。接種途徑不同的細菌、病毒有著不同的易感途徑，因此疫苗也對接種途徑有著比較嚴格的要求。

不同免疫途徑激發的免疫應答類型不同，必須嚴格按照疫苗說明書要求的途徑進行免疫接種。無菌操作由于注射器械、針頭消毒不徹底或注射部位消毒不嚴，接種時沒有嚴格執行一畜一針原則，致使動物接種后出現嚴重的應激反應、細菌感染和疾病傳播，影響免疫效果。疫苗保存完善的疫苗冷鏈體系是有效免疫的重要保證，運輸、存放時溫度達不到疫苗保存要求而勉強保存，或突然停電使保存溫度快速上升，造成疫苗破乳或抗原失活，這些都會影響疫苗的免疫效果。總之，影響口蹄疫疫苗免疫效果的因素很多，疫苗生產和使用過程中的環節也不少，包括生產、保存、運輸、使用等，任何一個環節出現問題，都會影響疫苗的免疫效果。因此，要提高口蹄疫疫苗的免疫效果，必須要求疫苗生產廠家要保證疫苗質量，獸醫主管部門和業務單位要高度負責，廣大農牧民群眾和養殖戶要密切配合。即疫苗質量是基礎動物健康是保證，正確的使用方法則是關鍵。