新雞舍好養，舊雞舍難喂！這是很多養殖戶普遍共識，因此雞飼養期間所積蓄的病原菌，務必在雞出舍后的空舍時進行一次徹底清掃。雞舍內細菌污染度高的地方是雞糞附著的籠架處，壁面和頂棚污染程度低，但是，在消毒時也不要放棄。

所以，對雞舍的全面消毒是必要的，其要點如下：（1）徹底清洗水洗并洗凈雞舍內的材料，這是消毒作業的前階段工作，非常重要，因為事關消毒效果。高壓加高溫水，容易使床面粘著的當物和油污脫落，而且干得快，從而縮短了工作時間。此外，在水洗前噴洗凈劑，不僅容易使床面粘著的雞糞剝落，同時也能防止塵埃的飛散。再則，在洗凈時用鐵刷擦洗，能有效地減少細菌數。一般水洗需水量為每平方米6升。（2）消毒劑的選擇各種病原體只用一種消毒劑消毒是不行的。因此，對于一般的病原菌和病毒，采用苛性堿；對于特殊的病原菌（梭菌類的芽孢菌和肝病病毒等的無細胞特殊病毒），要用氯系列的消毒藥劑；對于球蟲類的卵囊，則用殺卵囊藥劑。

消毒劑采用液狀或霧狀噴霧方法，每立方米用水量約為1升。先噴頂棚，再噴壁面，后噴床架。也可以用福爾馬林等進行氣體密閉熏蒸。需要注意的是，福爾馬林等消毒效果高，但對人體也有壞的影響。因此，在操作時務必小心。