種蛋收回后， 應立即清洗， 以保持蛋的清潔與干凈， 防止微生物污染。清洗時， 最好用流動的溫水清洗； 在盆里清洗時每洗一個蛋后應換水， 而且盆子也應徹底清洗， 整個清洗過程不要超過2～3min。清洗后讓其自然干燥， 禁止用濕布擦拭， 有條件的， 可噴以1%來蘇兒等消毒液， 也可采用熏蒸消毒， 以免破壞種蛋表面的保護層。清洗時， 禁止用冷水。因為如果蛋內溫度高于水溫， 蛋內容物則受冷收縮， 導致臟水吸入蛋內而造成新的污染。另外， 也應防止搬運時的污染。人們的手往往帶有許多微生物， 因此在手接觸種蛋前， 一定要用含消毒液的溫水洗手或用消毒的毛巾搬運。蛋的清洗必須在貯存前進行， 干凈的蛋可以直接貯存。但無論如何不能刮擦蛋殼， 以免微生物通過蛋殼破損處侵入蛋內而增加污染的機會。