自然交配是讓公母鴨在有水的環境中進行自行交配的配種方法。配種季節一般為每年的2~6月，即從初春開始，到夏至結束。自然交配有大群配種和小群配種兩種方式。1.大群配種。將公母鴨按一定比例合群飼養，群的大小視種鴨群規模和配種環境的面積而定，一般利用池塘、河湖等水面讓鴨嬉戲交配。這種方法能使每只公鴨都有機會與母鴨自由組合交配，受精率較高，尤其是放牧的鴨群受精率更高，適用于繁殖生產群。但需注意，大群配種時，種公鴨的年齡和體質要相似，體質較差和年齡較大的種公鴨，沒有競配能力，不宜作大群配種用。2.小群配種。將每只公鴨及其所負責配種的母鴨單間飼養，使每只公鴨與規定的母鴨配種，每個飼養間設水欄，讓鴨活動交配。公鴨和母鴨均編上腳號，每只母鴨晚上在固定的產蛋窩產蛋，種蛋記上公鴨和母鴨腳號。這種方法能確知雛鴨的父母，適用于鴨的育種，是種鴨場常用的方法。