不同碳水化合物的成分和糖類分子組成的方式之間的聯系，對其消化的部位是有很大影響的，而碳水化合物是如何對胃腸道的生理機能產生影響的。《動物飼料科學與技術》上的一篇文章講述了碳水化合物對胃腸道環境、共生微生物、發酵過程以及抵抗疾病感染，如仔豬斷奶后腸道疾病和豬痢疾等的影響。豬的胃腸道可被認為是一條管道，分有不同結構和功能區域，可提供消化和吸收過程中的最佳條件。 在仔豬剛斷奶后，α-淀粉酶的分泌受阻，這將導致斷奶后頭兩周內小腸吸收淀粉不良。
這些條件使其難以評估膳食碳水化合物對健康腸道的具體影響，用保護斷奶后消化功能紊亂來表示。然而，低聚果糖和多糖似乎能刺激有益菌，如乳酸桿菌，這能對胃腸道起到一定的保護作用。研究已證實，預防豬痢疾發生的兩種方法：以為大腸提供數量有限的可發酵碳水化合物為基礎，同時飼喂高度易消化的米飯-動物性蛋白；飼喂富含益生元碳水化合物的日糧，例如低聚果糖和/或多糖，以刺激有益微生物。不過，具有保護作用的高度易消化米飯飲食并沒有在澳大利亞以外得到證實，而低聚果糖和多糖能刺激有益菌的功效在歐洲和澳大利亞都證實具有保護作用。
