蟲害鼠害污染蟲害可造成飼料營養損失，或在飼料中留下毒素。在溫度適宜、濕度較大的情況下螨類對飼料危害較大。鼠害不僅會造成飼料損失，還會造成飼料污染，傳播疾病。

微生物類污染飼料滋生黃曲霉菌、青霉菌、赤霉菌和鐮刀霉菌等有害微生物，會產生黃曲霉毒素、赤霉素、赤霉烯酮等對畜禽有害的毒素。其中黃曲霉毒素的毒性最強。抗營養因子污染飼料中的抗營養因子主要有蛋白酶抑制因子、碳水化合物抑制因子、礦物元素生物有效性抑制因子、拮抗維生素作用因子、刺激動物免疫系統作用因子等。它們的存在會干擾畜禽對飼料養分的消化、吸收和利用。有害化學物質污染主要包括農藥污染、工業“三廢”污染、營養性礦物質添加劑污染等三類有害化學物質。非營養性添加劑污染抗生素、激素、抗氧化劑、防霉劑和鎮靜劑，對預防疾病，提高飼料利用率和生長速度有很大作用，但若不嚴格遵守使用原則和控制使用對象、安全用量及停藥時間，藥物及其代謝產物會在肉、蛋、奶中殘留，并通過畜禽排泄物污染環境。

加工過程中產生的毒物交叉污染加工工藝控制不當，飼料中成分復雜的添加劑在粉碎、輸送、混合、制粒、膨化等特殊的加工過程中會發生降解反應、氧化還原反應，生成一些復雜的化合物。因此在飼料加工生產過程中要注意清掃設備，避免飼料在輸送及混合過程中分解和殘留。