實際的孵化過程中，影響胚胎發育有內部和外部原因，包括種蛋的內部品質、種蛋保存和孵化條件。雞種蛋的整個孵化期中，雞胚胎的死亡有兩個高峰期:一是在孵化前期，即入孵第4-5天；二是孵化后期，即入孵第18-20天。尤其在后期死亡率更高。第一個死亡高峰期正是胚胎生長迅速、形態變化顯著的時期，胚胎對外界環境的變化很敏感，稍有不適則易造成胚胎的死亡。第二個時期胚胎正轉入肺呼吸時期，生理變化劇烈，需氧量增加，胚胎溫度增高，若通風換氣不良，散熱不好，則易造成胚胎死亡。
前期死亡過高主要是種蛋品質不良，它又決定于種雞的營養水平和健康狀況。如種雞飼糧缺乏維生素A、維生素B2，種雞患病等；種蛋保存時間過長，保存條件不當；孵化溫度過高，翻蛋不夠等。中期死亡除了種雞飼糧不完善、種蛋管理不良外，主要由于孵化條件不當所致。如孵化溫度過高、通風不良等；翻蛋不當，造成胚胎粘連，胎膜發育不良。后期死亡過高同樣是由內部和外部因素造成，孵化條件特別是孵化溫度高影響更為嚴重，而孵化溫度低則造成胚胎極度衰弱，通風不良則易造成胚胎的窒息。出雛時高溫高濕且通風不良，易使胚胎呈畸形，生活力降低，啄殼無力，導致死亡。通過照蛋、轉盤、出雛和清理死胎等各個環節的工作檢查，分析胚胎死亡的原因。
因此，在孵化期的任何一個時期，任何一個環節都決定著最終的孵化率，這期間的任何工作都應該仔仔細細，排除一切不利因素給孵化創造適宜的環境。
