一些常見的病毒、細菌及引起雞病的病原往往是因為雞舍環境條件差或者衛生條件不達標給這些病原提供了生存的空間，因此雞飼養期間所積蓄的病原菌，務必在雞出舍后的空舍時進行一次徹底清掃。雞舍內細菌污染度高的地方是雞糞附著的籠架處，壁面和頂棚污染程度低，但是，在消毒時也不要放棄。
空舍消毒要徹底清洗，水洗并洗凈雞舍內的材料，這是消毒作業的前階段工作，非常重要，因為事關消毒效果。高壓加高溫水，容易使床面粘著的當物和油污脫落，而且干得快，從而縮短了工作時間。此外，在水洗前噴洗凈劑，不僅容易使床面粘著的雞糞剝落，同時也能防止塵埃的飛散。再則，在洗凈時用鐵刷擦洗，能有效地減少細菌數。一般水洗需水量為每平方米6升。
在選擇消毒劑的時候各種病原體只用一種消毒劑消毒是不行的。因此，對于一般的病原菌和病毒，采用苛性堿；對于特殊的病原菌（梭菌類的芽孢菌和肝病病毒等的無細胞特殊病毒），要用氯系列的消毒藥劑；對于球蟲類的卵囊，則用殺卵囊藥劑。消毒劑采用液狀或霧狀噴霧方法，每立方米用水量約為1升。先噴頂棚，再噴壁面，后噴床架。也可以用福爾馬林等進行氣體密閉熏蒸。需要注意的是，福爾馬林等消毒效果高，但對人體也有壞的影響。因此，在操作時務必小心。
