組織滴蟲的主要病變發生在盲腸和肝臟，引起盲腸炎和肝炎，故有人稱本病為盲腸肝炎。

一般僅一側盲腸發生病變，有時為兩側。在感染后的第8天，盲腸先出現病變，盲腸壁增厚和充血。從粘膜滲出的漿液性和出血性滲出物充滿盲腸腔，使腸壁擴張；滲出物常發生干酪化，形成千酪樣的盲腸腸心。隨后盲腸壁潰瘍，有時發生穿孔，從而引起全身的腹膜炎。肝臟病變常出現在感染后的第10天，肝臟腫大，呈紫褐色，表面出現黃色或黃綠色的局限性圓形的、下陷的病灶，直徑達lcm，達豆粒大至指頭大。

下陷的病灶常圍繞著一個成同心圓的邊界，邊緣稍隆起。在成年火雞和雞，肝的壞死區可能融成片，形成大面積的病變區，而沒有同心圓的邊界。雞的肝臟病變常常是稀疏的或者沒有，盲腸的病變也沒有火雞那樣廣泛。