要確保種蛋的質量，首先要求種禽生產性能高，無經蛋傳潘疾病，飼料營養全面，管理良好，受精率高和無傳染性疾病，尤其是要杜絕或嚴格控制經蛋傳播的疾病。對于種雞，蛋傳疾病主要有白痢、白血病和支原體病等。種蛋的選擇清潔度要注重蛋的清潔程度、蛋的大小、蛋形、蛋殼的顏色和厚度等。蛋殼粘有糞便或被破蛋液污染的污染蛋不僅自身的孵化效果較差，而且還會污染其他正常的種蛋和整個孵化器，增加死胚和腐敗蛋，導致孵化率降低和雛雞質量下降。大蛋和小蛋的孵化效果均不如正常的種蛋。對同一品系同一日齡的雞群，所產蛋的大小越一致，種蛋合格率越高，說明雞群的選育程度越高，飼養管理也越好。
大蛋的孵化時間較長，而小蛋的孵化時間又較短，兩者都不宜做種蛋。雞群剛開產時小蛋多，此時的大蛋中雙黃蛋多，產蛋率處于上升階段，受精率較低，孵出的雛雞也很弱小，成活率低。接近橢圓形的種蛋孵化效果最好，蛋形指數要求在0.72-0.75(蛋形數指的是雞蛋短軸與長軸的比值)。選種蛋時剔除細長、短圓、棗核狀、腰鼓狀等不合格蛋。蛋殼有裂紋、砂皮的都屬于遺傳缺陷，不能作種蛋。不同品種的蛋殼顏色不同，但是種蛋必須符合本品種特征。對于褐殼蛋雞或其他蛋殼顏色一致性選擇程度較低的品種，留種蛋時不一定苛求蛋殼顏色完全一致。而對于由疾病或飼料營養等因素造成的蛋殼顏色突然變化要特別注意，如確系該原因造成的應暫停留種蛋。
