引發肉雞腸毒綜合征的病因很多，小腸球蟲感染、腸道內菌群失調、飼料中維生素、能量和蛋白質的影響等等。
　　
小腸球蟲感染：由于各地環境、飼養管理和藥物預防水平不同是造成球蟲感染的原發性原因，特別是小腸球蟲感染時，小腸球蟲在腸黏膜上大量生長繁殖，導致腸黏膜增厚，嚴重脫落及出血等病變，使飼料不能完全消化吸收。同時，對水分的吸收也明顯減少，盡管雞只大量飲水，也會引起脫水現象。這是引起肉雞糞便變稀，糞中帶有未消化飼料的原因之一。
　　
腸道內菌群失調：腸道內環境改變使腸道內有益菌減少，而有害菌趁機大量繁殖，腸道消化酶的消化功能下降，飼料消化不良，有害菌、球蟲及其產物刺激腸道的平滑肌收縮，使腸蠕動加快、加強，飼料消化時間減少，導致消化不良。
　　
飼料中維生素、能量和蛋白質的影響及飼養條件的惡化：在調查中發現，飼料營養越豐富，發病率越高，癥狀也越嚴重，品質較低的飼料相對發病率較低。這是因為，在球蟲與細菌的混合感染中，大量的能量、蛋白質和部分維生素促進二者大量繁殖，加重癥狀。該病多由小腸球蟲隱性感染導致消化功能障礙，腸道微生態平衡被破壞，引起厭氧菌感染，進一步惡化了消化道內環境，繼發病毒等使病癥加重，造成該病暴發，大批量死亡。
　　
電解質大量丟失：在該病發生的過程中，球蟲細菌大量快速生長繁殖，導致消化不良，腸道吸收障礙，電解質的吸收減少。同時，由于大量腸黏膜細胞迅速破壞，使電解質大量丟失，出現生理化障礙，特別是鉀離子的大量丟失，會導致心臟的興奮過度增強。
　　
自體中毒：有害菌所產生的毒素如大腸桿菌產生的內毒素、球蟲的代謝產物和死亡分解產物等被機體吸收發生自身中毒。在發病的過程中，大量的腸上皮細胞破裂脫落，在細菌的作用下，發生腐敗分解以及蟲體死亡、崩解等產生大量的有毒物質，被機體吸收后發生自體中毒。從而在臨床上出現先興奮不安，后癱軟昏迷，直至衰竭死亡的情況。

該病一種以腹瀉、糞便中含有未消化好的飼料、采食量明顯下降、生長緩慢或體重減輕、脫水和飼料報酬下降等為特征的疾病。該病雖然死亡率不高，但造成的隱性經濟損失巨大，而且往往被養殖戶誤認為是一般的消化不良或單一的小腸球蟲感染。此病在高溫潮濕和炎熱的梅雨季節多發，多發于30日齡～40日齡肉雞，最早可發生于7日齡～10日齡的肉雛雞。