潰瘍性腸炎有臨床診斷中往往與盲腸肝炎、雞球蟲病、雞白痢桿菌病及禽副傷寒相混淆，應予鑒別診斷。

　　1.雞潰瘍性腸炎是由鵪鶉梭菌引起的急性細菌性傳染病，以拉白色、綠色或褐色稀糞為特征。而雞白痢桿菌病、禽副傷寒則為沙門氏桿菌引起的傳染病，盲腸肝炎、雞球病則分別是由滴蟲、球蟲引起的寄生蟲病，盲腸肝炎以拉硫黃色的稀糞為特征，球蟲病則以拉血色稀糞或帶有黏液的糞便為主。
　　2.雞潰瘍性腸炎，肝臟形成大小不一的黃色壞死區及盲腸壁上的中心凹陷潰瘍灶，是最具特征性的病理變化。雞白痢桿菌病及副傷寒，則肝臟腫大有出血條紋或針尖大小的灰白色壞死點，盲腸擴張，腸腔中有淡黃色的干酪樣物堵塞。雞球蟲病，則肝臟無病變，盲腸腫大幾倍，呈棕紅色，腸壁增厚發炎，內溶物為血液或血凝塊或黃白色混有血液的干酪樣物質。雞盲腸肝炎，肝臟表面形成不規則的中心微凹、邊緣隆起的潰瘍灶，潰瘍處呈淡黃色或淺綠色，肓腸腫大，內有干酪樣栓子，栓子斷面外層為淡黃色，里面呈黑紫色。

　　3.發病時間，潰瘍性腸炎常發生于4～12周齡的雞，而副傷寒及急性敗血型的白痢桿菌病則多見于1月齡內的雛雞。

　　4.潰瘍性腸炎有時和雞球蟲病同時發生，在所發生的16起病例中，就有3起兩病同時發生的情況，因此應同時治療兩病。