好的孵化蛋主要是從以下幾個方面來判斷，包括蛋的形狀、蛋殼、蛋清和卵黃等。

蛋的形狀，一個質量好的孵化蛋具有一個含小氣室的鈍端以及清晰可識別的尖端。太多畸形或奇形怪狀的蛋表明母雞的蛋殼腺不成熟、此蛋由青年父母代雞所產、或雞有病、受到應激以及雞群過分擁擠。

蛋殼，高質量的孵化蛋的蛋殼是光滑的，沒有皺紋或蛋殼表面沒有鈣化物質的堆積。同一批蛋的顏色應該是一致的。青年父母代雞所產的蛋蛋殼較厚，隨著雞群日齡的增長，蛋殼會逐漸變薄且畸形蛋殼的發生率也增加。飼料中鈣或維生素D3含量不足產出的蛋蛋殼也較薄。鹽水飲用不足以及高水平氯也會導致蛋殼問題發生。畸形白色、厚殼蛋可能說明雞群存在各種疾病（IB、NCD、EDS）。蛋清和卵黃，高質量的孵化蛋含有較高比例的厚的、粘稠的蛋清。蛋清會隨著雞群日齡增長和儲藏時間而變稀。高質量的蛋清是半透明的，有綠色的或黃色的投影表明含核黃素。肉斑或血斑說明雞群存在應激或者過分擁擠。卵黃的大小隨著雞群日齡的增加而增加，因此卵黃/蛋清的比例也增加。在質量好的孵化蛋中，卵黃具有一致的顏色沒有任何血斑或者肉斑。卵黃有雜色說明雞群存在應激。胚胎浮在卵黃的頂部。在未孵化的雞雛的種蛋中，胚胎看起來類似于油炸餅圈的不透明的環，具有半透明的中心。高質量的胚胎直徑為3-5mm。

建議在優化孵化所經濟時不要認為蛋的質量是理所當然的。使用專門的蛋質量表來記錄孵化場接受的每批蛋的質量。記錄質量良好的蛋的數量以及每批蛋中沒有滿足需要標準的蛋的數量。采取最少10個蛋的樣本用于記錄胚胎、蛋清和卵黃的質量。與蛋供應商放開交流質量相關問題，共同改善和維持蛋的質量。