臭蛋的危害不僅污染環境影響孵化率，而且危害雛雞健康。 其危害機理主要是：臭蛋內容物含大量綠膿桿菌，臭蛋一旦爆裂,其內侵入正常種蛋內部繁殖，引起這些正常發育種蛋胚胎死亡、發臭，變成另一臭蛋污染源，再污染其它種蛋，形成惡性循環。另外，臭蛋內高含有濃度的硫化氫氣體，散發在孵化室內，影響胚胎的呼吸代謝。如果室內硫化氫達到較高濃度， 將造成胚胎窒息死亡，從而影響出雛率。

孵化中預防臭蛋的措施：

1.為防止種蛋被污染，應做到及時撿蛋，最好每半到一小時撿蛋一次。

2.嚴格挑選種蛋。臟蛋、破蛋、裂紋蛋、薄殼蛋不能入孵， 禁止用濕抹布擦拭種蛋。

3.搞好種蛋消毒。種蛋從雞舍內撿出后，立即用高錳酸鉀、 福爾馬林熏蒸 20分鐘后送入蛋庫，上蛋后在孵化室內再熏蒸20分鐘。

4.照蛋，落盤時應及時發師并除去臭蛋、裂紋蛋。

5.搞好孵化用具及孵化室的清洗消毒。孵化用具如蛋盤， 出雛盤要用藥液浸泡，沖掉蛋皮、蛋液和胎糞、粘液等污垢。