為確保最終的孵化率，孵化場種蛋貯存應該注意一些基本的問題。

環境衛生良好，種蛋在被收集并經過清點、消毒等處理后，應及時放入專用蛋庫內貯存。孵化場的貯蛋庫應配備自動恒溫控制的采暖設備、制冷設備和濕度自動控制器以及通風設備。小型孵化場或個體養殖戶可因陋就簡，改造陳舊房舍加以利用。但是，無論是大型孵化場還是小型孵化場均需注意庫房內一定要保持清潔、整齊、空氣新鮮，無灰塵、無陽光直射、蚊蟲叮吮、過堂風和老鼠、蟑螂等，并且便于清掃、消毒。同時，保證和種蛋接觸的蛋盤、蛋架等要清潔衛生。由于種蛋在貯存過程中也需要進行新陳代謝，蛋內部與外界環境之間進行氣體交換，故需要保持種蛋貯存環境空間內氣體的新鮮。所以，要做好貯存種蛋環境的通風換氣工作。切不可把種蛋裝在不透氣的箱子里，否則會使胚蛋因缺氧而窒息死亡。

蛋位擺放合理，種蛋在貯存期間，如果蛋位擺放不當，或長期放置不動，就會促進蛋黃、胚盤與蛋殼粘連的發生，甚至造成胚胎的早期死亡。因此，通常要求種蛋貯存期間大頭向上，小頭向下，這樣有利于種蛋存放和孵化出雛；當貯存時間較長時，為防止粘連的發生，宜每天翻蛋一次或將蛋的鈍端朝下放置。這樣，可使氣室和蛋黃得到相對固定，避免種蛋內容物與蛋殼粘連，利于保證正常的孵化率。