水產養殖上使用的微生態制劑主要是通過高效調節水質或水體微生態環境而間接防止水產動物的疾病，在使用時應注意以下幾點：

微生態制劑應在常溫、陰涼處保存。

使用時應該注意產品說明書，特別注意產品保質期。

微生態制劑不可與殺菌劑、消毒劑和有殺菌作用的藥物同時使用，必須間隔5~7天后再用。

有些微生態制劑使用時會耗氧而使水體缺氧，使用時應同時開啟增氧機。

微生態制劑應堅持長期使用，視水質情況決定使用時間和劑量，一般10天左右宜使用一次。