種蛋在貯存過程中，蛋內水分會通過蛋殼上的氣孔不斷向外散發，導致種蛋氣室增大、失重，隨著時間的延長，會使種蛋孵化率降低甚至失去活力。所以，種蛋需貯存在相對濕度為70%～80%的環境中，以延緩這一變化趨勢。若相對濕度過低，胚蛋內的水分會通過蛋殼表面的小孔散失，導致胚胎脫水；過高又容易出現蛋殼表面霉菌滋生的現象。此外，還有兩點需要注意：①當種蛋由冷庫向溫度高的地方轉運時，水蒸氣會凝集到蛋殼上，形成水滴，俗稱“冒汗”。種蛋“冒汗”不僅不利于操作，而且容易受到細菌污染。可以從逐步提高蛋溫與降低濕度兩個方式解決種蛋“出汗”問題，實踐中多采用逐步提高蛋溫辦法。同時，要注意決不能用甲醛熏蒸有水汽的種蛋，要待全部種蛋都干燥后方可熏蒸。②經過溶液浸泡或清洗的種蛋，因其蛋殼表面的膠質層已被破壞，種蛋失去了良好的天然保護屏障，某些病原微生物容易進入蛋內，進而影響胚蛋的質量，使其活力下降甚至失去活力，因此，經過浸洗的種蛋保存時間決不能過長，通常以2天為限。