在孵化過程中臭蛋很大的危害，臭蛋不僅污染環境影響孵化率，而且危害雛雞健康。其危害機理主要是：臭蛋內容物含大量綠膿桿菌，臭蛋一旦爆裂,其內侵入正常種蛋內部繁殖，引起這些正常發育種蛋胚胎死亡、發臭，變成另一臭蛋污染源，再污染其它種蛋，形成惡性循環。另外，臭蛋內高含有濃度的硫化氫氣體，散發在孵化室內，影響胚胎的呼吸代謝。如果室內硫化氫達到較高濃度，將造成胚胎窒息死亡，從而影響出雛率。

臭蛋的形成，臭蛋的形成是細菌感染種蛋的結果。這些細菌多屬假單孢菌屬，主要是綠膿桿菌。臭蛋形成的原因主要有以下幾個方面：母雞羽毛、腳、糞便、墊料及雞舍設備污染了蛋殼，隨著蛋產出后的迅速冷卻，內容物收縮，附著在蛋殼上的細菌隨之侵入蛋內繁殖。破蛋、裂紋蛋及薄殼蛋，細菌很容易侵入蛋內。由于臭蛋的爆炸，污染同機孵化的種蛋。孵化用具消毒不嚴，污染孵化的種蛋。

臭蛋的處理，孵化過程中，若發現臭蛋，及被污染的種蛋應輕輕移出該孵化盤，取下沒被污染的種蛋，碼入另一消毒過的清潔盤中，插入孵化器內。臭蛋及被污染的種蛋裝入密封容器內，清出孵化室；孵化盤用5%次氯酸的浸泡24小時，徹底清洗后再用。

該怎樣預防臭蛋，1.為防止種蛋被污染，應做到及時撿蛋，最好每半到一小時撿蛋一次。2.嚴格挑選種蛋。臟蛋、破蛋、裂紋蛋、薄殼蛋不能入孵，禁止用濕抹布擦拭種蛋。3.搞好種蛋消毒。種蛋從雞舍內撿出后，立即用高錳酸鉀、 福爾馬林熏蒸20分鐘后送入蛋庫，上蛋后在孵化室內再熏蒸20分鐘。4.照蛋，落盤時應及時發師并除去臭蛋、裂紋蛋。5.搞好孵化用具及孵化室的清洗消毒。孵化用具如蛋盤，出雛盤要用藥液浸泡，沖掉蛋皮、蛋液和胎糞、粘液等污垢。

此外要注意，出雛機出雛完要徹底消毒一次。孵化室地面每兩天堅持用5%次氯酸鈉或10%來蘇爾消毒一次。