肉仔雞非典型新城疫多發生在一些規模養殖戶，它的發生沒有明顯的季節性，發病率不高，臨床表現不明顯，解剖病變不典型，死亡率低。

發生非典型新城疫的雞群容易繼發支原體和大腸桿菌感染，從而使雞群死亡率大大增加，生長速度明顯變慢，飼料報酬降低，給養殖戶帶來很大的經濟損失。

非典型新城疫的發生大多集中在肉雞進行二免、三免等的前幾天。雞群中首先出現有呼吸道癥狀的病雞，嚴重病雞張口、伸頸喘氣、咳嗽、食欲降低、拉黃白色稀便，后期拉綠色稀便，精神沉郁，發病后2～3天死亡。

剖檢病死雞，嗉囊空虛，在氣管內有灰白色或黃白色粘液，喉頭及氣管上段有出血；腺胃粘膜上有一層灰白色粘稠分泌物，腺胃乳頭出血較少見，有時擠壓腺胃乳頭流出膿性分泌物；十二指腸淋巴集結及卵黃蒂前后淋巴集結出現腫脹、出血甚至潰瘍；在回盲口前方腸粘膜出現出血灶，盲腸扁桃體腫大出血，直腸泄殖腔粘膜出血，越往后粘膜出血越嚴重。