營養物質在奶牛瘤胃的消化情形如下：干物質40%-80%;碳水化合物80%;粗纖維80%-95%;有機物60%-80%;粗脂肪10%-100%;能量占總消化能量的40%-87%。

功能健全的微生態環境里，瘤胃微生物主要包括細菌、原蟲和真菌。瘤胃內的乳酸菌是反芻動物瘤胃和腸道內微生物的重要組成部分。犢牛瘤胃內乳酸桿菌的數量在其出生后逐漸增多，數量能夠達到108-109個/g。

乳酸菌抑制致病菌生長，促進有益菌群的增長。乳酸菌增強營養物質吸收、促進機體生長，還能吸附降解黃曲霉毒素。優質的牛奶源于健康的奶牛，健康的奶牛源于功能健全的瘤胃和腸道。

實驗結果發現，細菌與真菌的定量結果在健康奶牛與乳房炎奶牛腸道內容物中差異不顯著；腸球菌屬、葡球菌屬、鏈球菌屬、擬桿菌屬、大腸桿菌在乳房炎奶牛腸道中數量明顯高于健康奶牛，其中以腸球菌屬差異最顯著。乳桿菌屬、雙歧桿菌屬及乳酸乳球菌為代表的乳酸菌在健康奶牛腸道中的含量高于乳房炎奶牛，其中乳桿菌屬及其屬內的布氏乳桿菌、清酒乳桿菌、唾液乳桿菌、嗜酸乳桿菌4個種差異極顯著。

黏膜免疫細胞占到牛機體全部免疫細胞的80%;腸上皮淋巴細胞可產生與Th1、Th2功能相關的細胞因子，因此具有調節其他淋巴細胞和腸上皮細胞功能的特性，可防御腸道微生物感染。乳桿菌在腸道各黏膜上都能檢測到，尤其在回腸黏膜上豐度最大。腸道乳桿菌可以刺激上皮淋巴細胞，改善腸屏蔽功能，提高牛腸道黏膜免疫水平。