雛雞的大腸桿菌病是一種常見、多發病。因為它是條件性致病菌，它在雞體內常年存在，只有在某些應激下，才會發病，甚至在雞群暴發，所以雛雞發病是多種條件因素誘發而引起。通常生產中都依賴藥物來控制本病，但由于微生物的耐藥性，生產上使用藥物的劑量越來越大，不但損傷雛雞健康，影響機體免疫功能，而且藥害、藥殘危及生態。因此，對大腸桿菌病的防治應該是綜合性的。

首先是從源頭上控制大腸桿菌對雞的污染，這要通過凈化種源減少種雞對種蛋的污染，并做好孵化種蛋、孵箱和雞舍消毒，減少環境中的大腸桿菌對種蛋和出殼雛雞的侵襲。

二是注意雛雞的飼養管理，防止應激誘發大腸桿菌病的發生，如雛雞的運輸和雞舍的保溫，防止雛雞受低溫誘發腹瀉；雛雞從出殼到進雞舍一般超過48小時，應盡早讓雛雞開水和開料。

三是要及時做好雞的疫菌苗的免疫，提高機體的抗病力，如馬立克氏苗和法氏囊疫苗的免疫，可以防止機體的免疫抑制和細菌性并發癥。

四、可以用藥物或微生物制劑抑制雞腸道內的大腸桿菌數量，提高腸道有益微生物群，控制大腸桿菌病，如用氟哌酸等藥物可有效地抑制大腸桿菌；用乳酸菌、腸球菌、枯草芽孢桿菌等微生物可抑制大腸桿菌，提高腸道內有益菌數，調整腸道菌群比。藥物和有益微生物制劑還可用于發病雞群。