最好不使用運輸商品豬的車輛裝運種豬。在運載種豬前應使用高效消毒劑對車輛和用具進行兩次以上的嚴格消毒，最好能空置一天后裝豬，在裝豬前用刺激性較小的消毒劑徹底消毒一次，并開具消毒證。

在運輸過程中應想方設法減少種豬應激和肢蹄損傷，避免在運輸途中死亡和感染疫病。要求供種場提前2小時對準備運輸的種豬停止投喂飼料，趕豬上車時不能趕得太急，注意保護種豬的肢蹄，裝豬結束后應固定好車門。

長途運輸的車輛，車廂最好能鋪上墊料，冬天可鋪上稻草、稻殼、鋸末，夏天鋪上細沙，以降低種豬肢蹄損傷的可能性；所裝載豬只的數量不要過多，裝得太密會引起擠壓而導致種豬死亡；運載種豬的車廂隔成若干個欄圈，安排4頭-6頭豬為一個欄圈，隔欄最好用光滑的鋼管制成，避免刮傷種豬；達到性成熟的公豬應單獨隔開，并噴灑帶有較濃氣味的消毒藥（如復合酚等）或者與母豬混裝，以免公豬之間相互打架。

長途運輸的種豬，應對每頭種豬按1ml/10kg注射長效抗生素，以防止豬群途中感染細菌性疾病，對于臨床表現特別興奮的種豬，可注射適量氯丙嗪等鎮靜針劑。

長途運輸的運豬車應盡量走高速公路，避免堵車，每輛車應配備兩名駕駛員交替開車，行駛過程應盡量避免急剎車；應注意選擇沒有停放其他運載相關動物車輛的地點就餐，絕不能與其他裝運豬只的車輛一起停放；隨車應準備一些必要的工具和藥品，如繩子、鐵絲、鉗子、抗生素、鎮痛退熱藥以及鎮靜劑等。

另外，新引進的種豬，應先飼養在隔離舍，而不能直接轉進豬場生產區，因為這樣做極可能帶來新的疫病，或者由不同菌株引發相同疾病。種豬到達目的地后，立即對卸豬臺、車輛、豬體及卸車周圍地面進行消毒，然后將種豬卸下，按大小、公母進行分群飼養，有損傷、脫肛等情況的種豬應立即隔開單欄飼養，并及時治療處理。先給種豬提供飲水，休息6小時-12小時后方可供給少量飼料，第二天開始可逐漸增加飼喂量，5天后才能恢復正常飼喂量。種豬到場后的前二周，由于疲勞加上環境的變化，機體對疫病的抵抗力會降低，飼養管理上應注意盡量減少應激，可在飼料中添加抗生素（可用泰妙菌素50mg/kg、金霉素150mg/kg）和多種維生素，使種豬盡快恢復正常狀態。種豬到場后必須在隔離舍隔離飼養30天-45天，嚴格檢疫。特別是對布氏桿菌、偽狂犬病（PR）等疫病要特別重視，須采血經有關獸醫檢疫部門檢測，確認沒有細菌感染陽性和病毒野毒感染，并監測豬瘟、口蹄疫等抗體情況。種豬到場一周開始，應按本場的免疫程序接種豬瘟等各類疫苗，7月齡的后備豬在此期間可做一些引起繁殖障礙疾病的免疫注射，如細小病毒病、乙型腦炎疫苗等。種豬在隔離期內，接種完各種疫苗后，進行一次全面驅蟲，使其能充分發揮生長潛能。在隔離期結束后，對該批種豬進行體表消毒，再轉入生產區投入正常生產。