農(nóng)產(chǎn)品電子商務(wù)的物流，主要面臨著兩方面的問題：一是單筆的配送成本較高。假如在一筆電子商務(wù)交易中客單價（即單筆交易額）為100元，那么農(nóng)產(chǎn)品的物流成本將占到25%到40%，相比之下電子產(chǎn)品、服裝的物流成本則在5%以下。按當(dāng)前的行業(yè)數(shù)據(jù)測算，如果客單價低于200元，農(nóng)產(chǎn)品電商就將處于虧損狀態(tài)。二是我國冷鏈物流較落后，所配送的農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量難以保證。由于農(nóng)產(chǎn)品大多是生鮮產(chǎn)品，需要進行冷鏈流通。據(jù)有關(guān)資料，近年我國果蔬、肉類、水產(chǎn)品冷鏈流通率分別只有5%、15%、23%，大部分生鮮農(nóng)產(chǎn)品仍在常溫下流通，而歐美發(fā)達國家的肉禽冷鏈流通率已經(jīng)達到100%，蔬菜、水果的冷鏈流通率也在95%以上。由于冷鏈物流的不完善，造成農(nóng)產(chǎn)品流通損耗率高達25%至30%，也成為我國農(nóng)產(chǎn)品電商發(fā)展的一大挑戰(zhàn)。
盡管農(nóng)產(chǎn)品電商面臨著諸多困難，但其發(fā)展依然勢不可擋，據(jù)《阿里農(nóng)產(chǎn)品電子商務(wù)白皮書2013 》顯示，2013年阿里平臺上的農(nóng)產(chǎn)品銷售額同比增長了112.15%。為什么能有如此高速的增長呢？一個重要的原因是，傳統(tǒng)的農(nóng)產(chǎn)品流通模式環(huán)節(jié)多、效率低，相比之下盡管當(dāng)前農(nóng)產(chǎn)品電商的物流成本很高，卻依然具有強大的吸引力和生命力。而突破物流瓶頸，不但攸關(guān)農(nóng)產(chǎn)品電商模式的最終成敗，對整個農(nóng)產(chǎn)品流通機制的變革乃至“三農(nóng)”問題的解決來說，也都有著重要意義。
改進農(nóng)產(chǎn)品電商物流的方式是：
一是加大基礎(chǔ)設(shè)施投入，大力推進農(nóng)產(chǎn)品冷鏈物流建設(shè)。目前我國專業(yè)的農(nóng)產(chǎn)品物流尤其是冷鏈物流的發(fā)展仍處于起步階段，規(guī)模化、系統(tǒng)化的物流體系尚未形成，與發(fā)展現(xiàn)代農(nóng)產(chǎn)品流通、滿足居民消費需求尤其是發(fā)展農(nóng)產(chǎn)品電商相比仍有較大差距。國家發(fā)展改革委《農(nóng)產(chǎn)品冷鏈物流發(fā)展規(guī)劃（2010—2015年）》提出，到2015年要初步建成布局合理、設(shè)施先進、上下游銜接、功能完善、管理規(guī)范、標(biāo)準健全的農(nóng)產(chǎn)品冷鏈物流服務(wù)體系。盡管當(dāng)前物流企業(yè)對冷鏈建設(shè)的熱情很高，各大物流公司之間開始自發(fā)進行跨區(qū)域的冷鏈業(yè)務(wù)合作，但由于冷鏈物流投資巨大，加上我國幅員遼闊，要想盡快建立起覆蓋全國的冷鏈物流體系任務(wù)依然艱巨，亟須政府加大投資力度。
二是全面優(yōu)化農(nóng)產(chǎn)品物流網(wǎng)絡(luò)。當(dāng)前我國農(nóng)產(chǎn)品物流網(wǎng)絡(luò)尚缺乏系統(tǒng)的規(guī)劃，對運輸路線、工具以及時間的選擇上沒有很好地進行優(yōu)化處理，導(dǎo)致農(nóng)產(chǎn)品供應(yīng)鏈中物流成本較高，同時損耗也較高。農(nóng)產(chǎn)品電商則進一步對物流網(wǎng)絡(luò)提出了更高的要求，需要從供應(yīng)鏈管理的思維出發(fā)，優(yōu)化農(nóng)產(chǎn)品物流路徑和節(jié)點設(shè)計，并對農(nóng)產(chǎn)品供應(yīng)鏈中的加工、包裝、庫存、配送等環(huán)節(jié)統(tǒng)一制定實施符合現(xiàn)代物流技術(shù)的標(biāo)準，有效提高物流的效率，降低農(nóng)產(chǎn)品電商的物流成本。
三是鼓勵市場繼續(xù)探索創(chuàng)新農(nóng)產(chǎn)品電商物流新模式。當(dāng)前，不少企業(yè)對農(nóng)產(chǎn)品電商開展了積極的探索，例如順豐優(yōu)選借助順豐速遞在快遞行業(yè)的經(jīng)驗和網(wǎng)絡(luò)優(yōu)勢，推出了生鮮電商業(yè)務(wù)，菜鳥物流則通過整合冷鏈公路貨運、冷鏈中轉(zhuǎn)中心、落地配公司等多種物流資源，形成新型“二段式配送”物流模式，有效地控制了成本。這些企業(yè)的自發(fā)探索是農(nóng)產(chǎn)品電商得以發(fā)展的原動力，政府應(yīng)對其進行積極鼓勵，出臺稅收、金融方面的專門扶持政策。同時，農(nóng)產(chǎn)品電商這一新生事物的發(fā)展還離不開消費者的積極支持。目前從事配送的冷藏車平均一次提貨送貨的單數(shù)還很少，分攤下來成本較高，只有在廣大消費者的積極參與下，農(nóng)戶品電商才能實現(xiàn)規(guī)模效益，整個行業(yè)早日走出“賠本賺吆喝”的階段。