機械清除法通過清掃、洗刷、通風及過濾等機械方法清除病原體。該方法雖說普通且常用，但達不到徹底消毒的目的，作為一種輔助方法，須與其他消毒方法配合進行。

物理消毒法采用陽光、紫外線、干燥、高溫及蒸煮等方法，殺滅細菌和病毒。

化學消毒法用化學藥物殺滅病原體是最為常用的方法。選用消毒藥物應考慮殺菌廣譜，該藥物具有使用方便、價廉、易于推廣、有效濃度低、作用快、效果好、無臭、無味、不損壞被消毒物品，對人畜無害、性質穩定、易溶于水，不易受有機物和其他理化因素影響，使用后殘留量少或副作用小等特點。

生物消毒法將被污染的糞便堆積發酵，利用嗜熱細菌繁殖時產生高達到70℃以上的熱，經過1～2個月可將病毒、細菌、寄生蟲卵等病原體殺死。但此法不適用于炭疽、氣腫疽等芽孢病原體引起的疫病，這類疫病的糞便應焚燒或深埋。

定期性消毒一年內進行2～4次，至少于春秋季各進行一次。牛舍內一切用具每月應消毒一次。對牛舍地面及糞尿溝可選用下列藥物進行消毒：5%～10%熱堿水、3%苛性鈉、3%～5%來蘇爾溶液等噴霧消毒，用20%生石灰乳粉刷墻壁。飼養用具、牛欄、牛床等以5%～10%熱堿水或3%苛性鈉溶液或4%來蘇爾進行洗刷消毒，消毒后2～6小時，在放入牛只前對飼槽及牛床用清水沖洗。

臨時性消毒牛群中檢出并剔出結核病、布氏桿菌病或其他疫病牛后，有關牛舍、用具及運動場須進行臨時性消毒。布氏桿菌病牛發生流產時，必須對流產物及污染的地點和用具進行徹底消毒。病牛的糞尿應堆積在距離牛舍較遠的地方，進行生物熱發酵后，方可充當肥料。產房每月進行一次消毒，分娩室在臨產牛生產前及分娩后各進行一次消毒。