不少專家認為，疫苗防疫是當前防控仔豬腹瀉最有效的方法，建議養殖戶一年免疫兩次，分別在9月、11月各免疫一次。但在生產實踐中，不少養殖戶就反映這樣的免疫效果不明顯，仔豬腹瀉依舊嚴重。

為何會免疫失敗?養殖戶往往將原因歸結于疫苗問題，認為當前滅活苗效果遠沒有已被取消批文的弱毒苗效果好。據了解，幾年前市場上還有弱毒苗銷售，效果也不錯，但因弱毒苗安全性問題等原因被農業部吊銷了批文。目前，市場上只有正規批文的二聯滅活苗銷售。

不過陽春市年存欄800頭母豬的養殖大戶、陽春養豬協會副會長謝猛認為，滅活苗效果并不比弱毒苗效果差，免疫失敗的原因主要是免疫程序不當。“自從去年改良了仔豬腹瀉的免疫程序后，豬場就再也沒出現過仔豬腹瀉。”

謝猛介紹，往年他的豬場也只是依照9月、11月各免疫一次的免疫程序，所以腹瀉病一直沒有控制好，但去年開始，他特意改變了免疫程序，采用跟胎次免疫方法，這種免疫效果讓他出乎意料，今年以來盡管周邊不少養殖場損失連連，他的豬場卻幸免于難。具體的免疫方式是，母豬配種后60天、90天各免疫一次，同時對后備母豬加強免疫，第一次配種前一周左右免疫一次。此外，免疫方法也有講究，謝猛介紹,與其他疫苗免疫不同，腹瀉苗免疫部位在豬尾巴后海穴進針角度保持與直腸平行或稍偏上。

廣東現代農業集團豬病研究室李建平博士很贊同上述免疫方法，他認為：免疫程序不當可能是許多豬場免疫失敗的主要原因。他建議養殖戶試用跟胎次免疫方案。“至少產前兩周對母豬加強免疫一針是很有必要，這樣會讓母源抗體更足，保護力更強。”