1、發酵

雖然發酵控制是很有利的，但反過來，如果發酵不可控則對動物健康有不利影響。這是液態飼喂系統受到最大質疑的地方。發酵過程不可控往往會導致大腸桿菌、沙門氏菌、酵母和許多其他可能的病原體增多。因此，業內通常建議用乳酸（或者其他酸化劑）酸化至pH4，并用300ppm的二氧化氯進行處理。這里應注意的是，每個攪拌和輸送系統都有特定的程序用于清潔和消毒，這些清潔和消毒的準則必須嚴格遵守，以確保系統所需的適當的衛生程度。

2、干物質

液態飼喂的另一個關鍵問題是濕料中干物質的濃度。根據經驗，每1份干飼料應配3份水，或者干物質濃度為25%即可。很多老式的輸料系統不能輸送較為密集的攪拌料，而密度較小的濕料由于產生廢水過多又不太可取。研究表明，雖然強烈推薦斷奶后第1周的仔豬使用干物質濃度為25%的濕料，以確保足夠的養分吸收。但是，即便干物質濃度為15%，豬也可以有效地利用濕料而不會有任何性能損失。

3、產生更多廢水

經驗表明，豬飼喂液態料會產生更多污水——尤其是飼喂富含蛋白質和（或）鹽分的液態副產品時。產生的廢水可以說有利有弊。利處在于更多的廢水使得糞漿的濃度更低，從而更容易被處理，而弊則是因為需要花費更多的處理成本。

4、水的配置

即使液態飼料中不含液態副產品和正常的鈉含量，政府當局也都建議為豬提供自由的新鮮非鹽水。豬對水的需要量因個體豬的體重、生長速度、舍內溫度和健康而有所不同。雖然說，每個豬欄至少配兩個飲水器，可以有效地防止飲水器杜塞。但是，在液態飼喂系統中，每10-20頭豬配1個單獨的飲水器就足夠了。

5、拒食

有不多的幾個報道指出，在使用這套飼喂系統的最初幾天里，即便飼料沒有問題，但是，此前不熟悉液態飼料的豬（尤其是斷奶仔豬）仍可能出現拒食現象。拒食現象一旦出現，通常可以在飼喂器靠近料槽的一端添加一些干飼料，連續添加幾天，直至豬開始愿意進食液態料。對于年齡較大的豬，可以添加少量的干飼料在料槽中，這樣往往能夠讓豬知道飼料的出口。如果豬還是拒食，那問題可能就出在飼料本身和輸料系統上。