選擇消毒藥物時，一要考慮豬場的常見疫病種類、流行情況及消毒對象、消毒設備、豬場條件等，選擇適合自身實際情況兩種或兩種以上不同性質的消毒藥物。二要充分考慮本地區的疫病流行情況和疫病的可能發展趨勢，選擇儲備和使用兩種和兩種以上不同性質的消毒藥物。三是定期開展消毒藥物的消毒效果檢測，依據實際的消毒效果來選擇較為理想的消毒藥物。

選擇消毒藥品時，要選效力強，效果廣泛，生效快且持久，不易受有機物及鹽類影響的藥品。特別是在疫病發生期間，更應精心選擇和使用消毒劑，特別是對病毒性傳染病，更要選用品質有保障的產品。使用前充分了解消毒劑的特性，提前訂好消毒計劃，結合季節、天氣、充分考慮適用對象、場合。實踐證明，消毒液溫度每升高10℃，消毒效果可增加2～3倍，但碘福樂、次錄酸鈉等的消毒力在20℃左右最高，超過則有效成分會逸失。不混合使用不同消毒藥。混合使用只會使消毒效果降低，如需要用數種，則單獨使用數日再使用另一種消毒劑。消毒不是萬能的，完整的防疫措施必須配合衛生管理、免疫及藥物防治，才能控制疾病發生。