腸道病菌中最具代表性的是大腸桿菌和金黃色葡萄球菌。　　

大腸桿菌，是腸道中數量最多的固有菌群，在益生菌數量正常的情況下，對動物機體并不致病。但當天氣變化、飼料改變、疫苗注射、轉欄，甚至高密度養殖等各種應激存在時，腸道內有益菌數量極易減少。失去益生菌的屏障保護，腸道通透性增加，大腸桿菌就會攻擊腸道并隨著其他有害菌進入血液，變成致病菌破壞機體健康，致使動物發生腹瀉等疾病。　

　金黃色葡萄球菌的致病性危害極大，當腸道內有益菌減少時，免疫系統防備松懈，金黃色葡萄球菌就會大量繁殖，殺滅其他菌群并分泌大量毒素進入血液四處攻擊機體細胞，使動物免疫系統破壞，從而導致腹瀉等其他疾病。