雞盲腸組織滴蟲病的潛伏期一般為15～20天。病火雞精神萎頓，食欲不振，縮頭，羽毛松亂。頭皮常呈紫蘭色或玄色，所以叫黑頭病。病情發展下去，得病火雞精神沉郁，單個呆立在角落處，站立時雙翼下垂，眼閉，頭縮進軀體卷入翅膀下，行走如踩高蹺步態。

病程通常有兩種：一種是最急性病例，常見糞便帶血或完全血便。另一種是慢性病例，得病火雞排硫磺色糞便，這種情況雞很少見，但曾見到帶血的盲腸排泄物。較大的火雞慢性病例一般表現消瘦，大約感染后第十二天，火雞體重開始減輕，雞很少呈現臨床癥狀。

感染組織滴蟲后，第一天引起白細胞總數增加，第十天達高峰，每立方毫米7萬個。主要是異嗜細胞增多，但在恢復期單核細胞和嗜酸性白細胞明顯增加。淋巴細胞、嗜堿性白細胞和紅細胞總數不變，感染后21天血細胞計數恢復到正常值。