雞消化道的完整性決不應受到損害。消化道從頭到尾都必須總是保持健康和發揮正常功能。消化道完整性的破壞將導致疾病的發生，進而影響養分的消化和吸收。下面將列出并簡要討論一些因素是如何對禽類胃腸道的完整性產生負面影響，進而損害其防御機制的。
　　
　　霉菌毒素：不論何時飼料污染了真菌，這些真菌的次級代謝產物都可能在飼料中積累，并對家禽產生毒性。
　　
　　蛋白黑素：氨基酸的一些Maillard類衍生物已報道對腸道的結構完整性有不良影響。
　　
　　生物胺：生物胺的濃度通常很低，正常情況下對動物不會有問題。但是，當飼料原料發生細菌腐敗時，這些胺類的數量增加，對動物尤其是家禽可能產生毒性。
　　
　　肌胃糜爛素：給雛雞飼喂過度加工的魚粉可影響消化道上段的完整性。日本科學家從過熱加工的鯖魚粉中分離到一種很強力的致肌胃糜爛的物質，他們把此物質稱為“肌胃糜爛素”。
　　
　　銅：嗉囊霉菌病影響胃腸道的完整性，是多見于火雞上的一種散發病。
　　
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　　引起家禽腸炎最常見的因素之一是球蟲。正常情況下，墊草上飼養的健康禽類對球蟲應能產生免疫反應。由這種寄生蟲低水平的恒定刺激對發育和維持免疫功能所必需。抗球蟲藥物在控制這種疾病方面是有效的。腸炎也能由線蟲和絳蟲引起。這種寄生蟲當其在腸道中的濃度很高時常常導致腸梗阻。壞死性腸炎最常見的誘因之一是細菌，而與此有關的最常見細菌為產氣莢膜梭狀芽胞桿菌。這種微生物產生的毒素可引起腸襯的大面積破壞。壞死性腸炎已表明與亞臨床球蟲病及當給家禽喂給黑麥、大麥和小麥這樣的谷物時常發生腸道粘性增加有關。這些谷物所含的非淀粉多糖能減慢腸道食糜的正常流通速率，進而導致產氣莢膜梭狀芽胞桿菌的過度生長。出血性腸炎直接由腺病毒感染引起。這種病常見于火雞。腸絨毛尖端破壞，引起小腸上部出血。其它病毒，如呼腸孤病毒、輪狀病毒、冠狀病毒、細小病毒、類腸病毒及鈣質病毒，已表明可引起最終導致腸炎的消化道襯的破壞。