種蛋從產出到入孵前會受到各種污染，如泄殖腔排泄物、雞舍空氣等，因此種蛋表面附著許多細菌，隨著時間的推移細菌數量迅速增加，一旦細菌進入蛋內會迅速繁殖，這樣的種蛋有時會在孵化器內爆裂，污染整個孵化器，對孵化率和雛雞的健康有很大的影響，種蛋通過嚴格的消毒和適宜條件的保存，才會有較高的孵化率。
　　一 消毒時間
　　為了減少細菌穿透蛋殼，種蛋產出后應馬上進行第一次消毒，所以要勤收種蛋，收集后馬上消毒；需要運輸的種蛋要在運輸車內進行第二次消毒；入孵后可在入孵器內進行第三次消毒；種蛋移盤后在出雛器內進行第四次消毒。
　　二 消毒方法
　　種蛋的消毒方法很多，在生產中常用又方便操作有：（1）甲醛熏蒸：用40％的甲醛溶液和高錳酸鉀按比例混合產生氣體可迅速有效的殺死病原體。第一次、第二次按每立方米用42ml甲醛加2lg高錳酸鉀熏蒸20分鐘，可殺死95％～98％的病原體；第三次在入孵器內按每立方米用28ml甲醛溶液、14g高錳酸鉀消毒；第四次按每立方米用14ml甲醛溶液、7g高錳酸鉀的濃度進行雛雞熏蒸消毒。（2）過氧乙酸熏蒸：按每立方米用過氧乙酸溶液50ml、高錳酸鉀5g熏蒸15分鐘，可快速有效殺死大部分病原體。當然大型種雞場還可用洗蛋消毒液，進行消毒。
　　種蛋消毒完后馬上放入干凈的蛋庫保存，防止再次被細菌污染。
　　三 溫度
　　種蛋孵化的溫度是37.5℃～37.8℃，但雞胚發育的閾值溫度為23.9℃，超過這個溫度胚胎就開始發育，如果環境溫度忽高忽低使胚胎數次發育數次停止，胚胎就會死亡或活力減弱，所以種蛋產下后應使其溫度降至23.9℃以下，并一直保持到入孵前。
　　四 濕度
　　種蛋保存期間水分會通過氣孔不斷蒸發，快慢與周圍的環境濕度有關，種蛋庫的相對濕度以75％～80％較適宜。
　　五 保存時間
　　正常情況下溫度15～18℃，濕度75％～80％，5天之內對孵化率和雛雞質量無明顯影響。超過7天孵化率會明顯下降，時間再長失去孵化價值。
　　六 其它
　　在夏天濕度較大時運輸或從種蛋庫到碼盤室，溫度升高水蒸氣會凝集到大蛋殼上，形成水滴俗稱“出汗”，此時種蛋容易受到細菌污染，注意不能試用甲醛熏蒸出汗的種蛋。