目的 ：通過對雞舍及設備的清洗和消毒，可以清除雞舍及設備上的病原微生物，切斷各種病原微生物的傳播鏈，以確保上一群雞不對下一群雞造成健康和生產性能上的垂直影響。
清洗和消毒程序
      程序的制定： 雞舍的清理、沖洗及消毒工作是一項復雜的系統工程，在種雞淘汰前，要制定一個科學、合理的清理、沖洗及消毒程序。制定程序時，一定要因地制宜，既全面、細致，又要考慮重點；既考慮集中性工作，又要考慮交叉性工作；盡可能減少重復性勞動，盡量避免交叉感染，最大限度減少設備的損壞和丟失。并根據任務的期限、人員的數量、工具的特性等科學、合理地安排整個清理、沖洗及消毒過程。
      程序的實施 
       控制昆蟲： 昆蟲是疾病重要的傳播媒介，必須在其移居于木制品或其它物品之前，將其殺滅。當種雞淘汰后，這時雞舍還較溫暖，應該立即在墊料、雞舍設備和雞舍墻壁的表面噴灑殺蟲劑；或者選擇在種雞淘汰前兩周在雞舍使用殺蟲劑。第二次使用殺蟲劑應在熏蒸消毒前進行。
      清掃灰塵： 所有的灰塵、碎屑和蜘蛛網必須從風機軸、房梁、開放式雞舍卷簾內側、雞舍內的凸處和墻角上清掃掉。最好用掃帚掃掉，這樣灰塵降落到墊料上。
     預加濕： 在清理墊料和移出設備之前，應該對雞舍內部從雞舍頂部到地面用便攜式低壓噴霧器噴灑消毒劑，從而使塵埃潮濕沉降下來。在開放式雞舍，應先封閉卷簾。
     移出設備： 所有的設備和設施（飲水器、料槽、棲息桿、產蛋箱、分隔欄等）應從雞舍內移出（注意，在移出產蛋箱之前，應事先將蛋窩內的墊料掏盡），并放在舍外的混凝土地面上。而不應把自動集蛋設施或雞舍不易移動的設備移到雞舍外。拆走溫控器、時間控制器、電壓調節器、風機電機、電燈泡等不易或不能沖洗消毒的物品，由專人（如電工）進行除塵、維護保養以及薰蒸消毒等，并放入指定的庫房進行隔離保管。
    清除雞舍內糞便和墊料： 清除雞舍內所有的糞便、墊料和碎屑，拖車和垃圾車在移出雞舍前要遮蓋好，以免灰塵和碎屑在舍外被風吹的四處飄散，污染場區；離開雞舍時，車輪必須擦刷干凈并消毒。每清完一棟雞舍都要安排人員鏟刮棚架上、雞舍邊角以及其它表面所積累的糞便；并將該棟殘留的雞糞認真清掃干凈，同時，還要將雞舍周圍及其糞道撒落的雞糞也認真清掃干凈。糞便和墊料必須運往遠離雞場的地方，按當地規定進行處理。

     雞舍內外的清洗： 必須首先斷開雞舍內所有電器設備的開關。用含有發泡劑的水通過高壓水槍沖洗，以清除殘留在雞舍和設備上的灰塵和碎屑。然后用含清洗劑的水進行擦洗。最后用有壓力的水沖干凈。在沖洗過程中，應迅速把雞舍內剩余的水排凈。所有移到雞舍外的設備必須浸泡和沖洗。在設備沖洗干凈后，設備應在有遮蓋物的條件下儲存。應特別注意雞舍內以下幾個部分的沖洗：風機框、風機軸、風機扇葉、通風設備的支架、屋梁的頂部、各種支架、水管等。雞舍外面也必須沖洗干凈并注意：進氣口、排水溝、水泥路面等部分的沖洗。為了確保難以接近的地方能沖洗干凈，可以使用輕便梯和手提式便攜燈。在開放式雞舍，卷簾內側和外側都必須沖洗干凈。任何不能沖洗的物品（如聚乙烯制品、紙板等）都必須銷毀。
    飲水系統清洗： 排干水箱和水管內所有的水，用清水沖刷水線。清除水箱內的污物和水垢，并把這些物質排到雞舍外。在水箱內重新加入清水和水清潔劑。把含有清潔劑的水從水箱輸入到水線內。但注意不要出現氣阻現象。水箱內含清潔劑的水要保證適當的高度，這樣可以保證水管內的水有適當的壓力。更換水箱水時，要讓清潔劑在水箱內最少保留4小時。用清水沖刷并把水排掉。在進雞前重新加入清水。水管內易形成水垢，因此應經常進行處理，以避免影響水的流速和造成細菌污染。水垢和細菌中的脂肪多聚糖易形成苔蘚。水管所使用的材料，將影響到水垢形成的多少。例如：塑料水管和水箱，由于存在靜電特性從而易于細菌吸附，在飲水中使用維生素和礦物質易于形成水垢和其它物質的聚合。用物理方法很難去掉水管內的水垢，在兩批雞之間使用高濃度的次氯酸鈉或過氧化氫附和物可以溶解水管內的水垢。這需要在小雞飲水前把水管內的水垢徹底沖刷干凈。如果當地水中礦物質（特別是鈣或鐵）含量很高，在清洗中需要加一些酸，以便去除水垢。金屬水管也可采用同樣的清洗辦法。但有時水管腐蝕易造成漏水，在對飲水系統進行處理前，應考慮水中礦物質含量。
蒸發冷卻系統和噴霧系統的清洗： 應使用雙硝酸清洗劑進行清洗，雙硝酸清洗劑也可以在產蛋期使用，這樣可以減少這些系統中的細菌數。并降低進入雞舍的細菌數量。
     喂料系統的清洗： 清空、沖洗和消毒所有的喂料設施，如料箱、軌道、鏈條和懸掛料桶。清空料塔和連接管并打掃干凈，密封所有的開口。如可能可以進行熏蒸。
棚架的清洗： 竹制棚架、木制棚架、以及塑料棚架等，沖洗和消毒過程都基本相同。即，先將棚架縫隙殘留的雞糞盡可能鏟刮干凈，放入水池用清水浸泡，再用高壓水槍沖洗干凈，然后再放入配有消毒液的水池進行二次浸泡，最后用有壓力的水沖干凈。
其它設備的清洗： 其它設備（如產蛋箱、遮光罩等）的清洗消毒可參照以上介紹的辦法實施。
附屬設施的清洗： 凡在場區內的所有附屬設施，如洗衣房、浴室、廁所、蛋庫、料庫、草庫、鍋爐房、自行車棚、熏料間、熏蒸箱等，都要徹底沖洗干凈，同時，還應將各個地方的地漏、沉淀池等清理干凈。
雞舍的維修： 干凈的空雞舍為建筑結構的維修提供了理想的時機。雞舍一旦空置，應注意以下幾項工作：用混凝土或水泥修補地面上的裂縫。修補墻體的勾縫和粉刷的水泥層。修復或替換已損壞的墻體和屋頂。如需要用涂料或白石灰進行粉刷。確保雞舍所有的門都能關嚴。
設備的安裝和調試： 安裝并調試因沖洗需要而拆卸的設備，如溫控器、時間控制器、電壓調節器、風機電機、電燈泡等。
老鼠和野鳥的控制： 檢查所有進、出風口的防護網，若有損壞，及時修補；檢查所有門、窗是否能關嚴，需要時進行修理；檢查所有墻壁、擋板和屋頂上的縫隙，需要時要修補好。關閉所有門窗和進出風口，防止野鳥和鼠類動物進入雞舍。在雞舍內外投放鼠藥，此時老鼠已有數日無料可吃，很容易中毒（雞舍內的鼠藥在兩周后撤出）。
雞舍的消毒： 消毒應該在整棟雞舍（包括雞舍四周）徹底清洗干凈和維修完成后才能進行。消毒劑對污垢和有機物無效。在使用消毒劑時，必須按照消毒劑制造商的說明書進行使用。消毒劑應通過沖洗機或便攜式噴霧器來使用。對消毒劑進行發泡可以增加接觸時間，從而加強消毒效果。雞舍在密封后把溫度升到較高水平，將有助于增加消毒效果。
雞舍地面處理 若有必要，須對雞舍地面進行處理，如用：鹽、石灰、硼酸、硅酸鋁等。