抗菌藥物主要是指抗生素和合成抗菌藥。抗菌藥物能干擾病原微生物細胞壁的合成，損傷菌體的細胞膜，影響菌體的蛋白質合成及核酸合成。
一、合理應用抗菌藥物
合理應用抗菌藥物是在明確指征的情況下選用適宜的藥物，采用適宜的劑量和療程，達到殺滅致病微生物和控制感染的目的。應用抗菌藥物的同時應采取相應措施，增強畜禽免疫力，防止發生各種不良反應。
二、明確用藥指征
1.正確的診斷是合理應用抗菌藥的前提
當畜禽發生疾病時應進行病原學檢驗、分離和鑒定病原菌后，有條件的必須進行藥敏實驗，并保留細菌標本供進行血清殺菌活力（SBA）實驗。在藥敏試驗結果未知曉前或臨床診斷相對明確的，可先進行試驗性治療。
2.選用藥物應綜合考慮
選用藥物應結合藥物的抗菌活性、藥動學（吸收、分布、代謝、排泄、半衰期、生物利用度等）、藥效學、不良反應、藥源、價值與效益等加以綜合考慮。無條件進行藥敏試驗的應選用本場或本地區不常用的藥物，這樣可以為臨床用藥提供經驗。
3.合理的劑量和療程
抗微生物藥物的藥效有賴于藥品在畜禽體內的有效血藥濃度。
用藥前要根據藥物在畜禽體內的半衰期確定用藥劑量和療程。給藥劑量應恰到好處，劑量過小起不到治療作用，易使細菌產生抗藥性；劑量過大，不僅造成浪費，還可能引起嚴重的毒副反應。藥物的最低抑菌濃度（MIC）可作為衡量最低有效濃度的粗略指標。對危重病例常采用首次劑量加倍的方法進行治療。
4.注意用藥療程
病原體在畜禽體內的生長繁殖有一個過程，藥物起效需要一定的時間，這段起效時間即為療程。療程過短，病原菌的生長繁殖只能被暫時抑制，一旦停藥，受抑的病原體又會重新生長繁殖，其后果是疾病復發或轉為慢性。藥物連續使用時間必須在一個療程以上。不可用藥1~2次就停藥或急于調換藥物品種。長期使用單一抗菌藥不但浪費，還可能導致耐藥菌株產生及引起毒副反應。
5.正確確定給藥途徑
常用給藥方法：拌料、飲水、注射及氣霧給藥等。
給藥途徑應根據藥物的特性、劑型、患畜畜種、病情及病畜禽的食欲和飲水狀況而定。
選好給藥途徑可起到事半功倍的效果。如治療呼吸道感染應用新霉素、鏈霉素時應采用氣霧給藥，因為這兩種藥物內服吸收效果差。腸道感染，則必須采用內服給藥。同一種藥物給藥途徑不同，會產生大相徑庭的效果。同類藥物給藥途徑不同，其效果也不一樣，以青霉素類藥物中的青霉素G和阿莫西林為例，青霉素G是從青霉菌培養液中提取的，在水中不穩定，極易被β-內酰胺酶和胃酸水解破壞，所以不應該混飲、混飼；阿莫西林為半合成制品，具有耐酸的優點，其內服效果良好。
采用飲水給藥要考慮藥物的溶解度和畜禽的飲水量，確保畜禽吃到足量的藥物。拌料給藥時，應按遞增混合法將藥物與飼料充分混勻，尤其是安全范圍小、劑量較小的藥物更應混勻，以免動物采食藥量過小起不到防治作用或因進食藥量過大而中毒。
對嚴重感染病例多采用注射法給藥，對零星散養的家畜，注射給藥療效更為可靠。肌注藥物時要注意藥物的黏稠度，黏度大的藥物，抽取的液量應適當超過規定的劑量，且注射的速度要慢一些。
三、聯合用藥，避免配伍禁忌
1.聯合用藥
聯合用藥是指同時或短期內先后應用兩種或兩種以上的藥物。
聯合用藥其目的在于增強藥物療效，減少、消除不良反應或防止細菌產生耐藥性或分別治療不同的癥狀與并發癥。
對混合感染或不能進行細菌學診斷的病例，聯合用藥可擴大抗菌范圍。濫用抗菌藥可能造成的不良后果，增加不良反應的發生率，導致二次重感染、耐藥菌株增多。
2.配伍禁忌
配伍禁忌是指用兩種以上藥物治療患病畜禽時可能存在的藥理作用相反的拮抗作用，或一種藥物減低另一種藥物藥效，或一種藥物增加另外一種藥物毒性，或兩種藥物同時應用時發生化學變化，成為第三種物質的現象。
不合理配伍造成的藥效降低、疾病不能得到有效控制的事件時有發生，聯合用藥應注意配伍禁忌。
要合理用藥及有效配伍。從業人員首先應加強藥學知識的學習，提高用藥水平；其次，應結合臨床需要，及時應用新藥，并做好臨床用藥咨詢；再其次，嚴把處方審查關，對有配伍禁忌和不合理的用藥處方要退回并及時糾正。