本病一年四季均可發生，主要發生在秋冬季節。肉雞多發。其發病過程一般分三個階段。
第一階段：由于雞舍消毒不徹底、空棚時間短、不同日齡混養、或苗雞質量差等原因而導致雞舍內存在著大量的敗毒支原體、大腸桿菌、各種病毒等感染源，這時在外部應激（如接種疫苗，天氣突變等）情況下可最先誘發慢呼病（CRD）。一般發病日齡在第一次免疫接種后二天左右。表現為輕微咳嗽，打噴嚏和呼嚕音，采食影響不太，死亡少，解剖有輕微的氣囊炎。
第二階段：由于第一階段的慢呼治療不及時或不重視治療而使雞的抵抗力下降，同時隨著日齡增長，飼養環境變差，管理不好而并發大腸桿菌病。表現為慢呼大腸桿菌綜合癥（CCRD），氣囊渾濁，咳嗽，噴嚏和呼吸羅音，患病嚴重的有包肝、包心等癥狀，死亡增加。很多情況下，支原體病和大腸桿菌病往往同時發生，也就是說第一、第二階段往往同時發生。
第三階段：雞群發生慢呼大腸桿菌綜合癥的同時，隨著雞群日齡的增長，飼養環境也越來越惡劣；飼養管理難度的增加；環境中各種病毒野毒株的大量存在和繁殖；免疫抑制病的發生；免疫效果不佳導致的非典型病毒病的發生，如果這些致病因素中的一種或多種并發就可以形成慢呼、大腸桿菌、新城疫（或傳支、感冒等病毒病）混合感染的呼吸道綜合癥（MRD）。表現為死亡增加，病情加重，帶來較大損失。在實際發病時，發病的過程可能三個階段不會分的很明顯，有可能直接發生第二階段或第三階段，這就要求在診斷時根據實際發病情況具體分析，做出正確的判斷，合理的用藥。