大量的畜禽排泄物如果不合理的做處理，會對周邊的環境造成嚴重的污染。為了從根本上解決畜禽排泄物對環境的污染，特提以下幾點建議。
1加大政策扶持力度
由于養殖企業均建在較為偏辟地帶，收集糞便運輸成本較大，政府應對有機肥加工企業給予適當的經費補貼，以鼓勵他們多收集、擴大生產規模。同時要加大對使用有機肥的農戶和企業給予補貼。這樣一方面可大大減少化學肥料使用量，從而減少面源污染，另一方面可大大提升農產品的品質。
2加大農牧結合的推廣力度
按照1畝土地年消耗家畜糞便不超過豬5頭，肉雞200只，蛋雞50只的規模量。農產品效益的提升在于提高農產品的品質，要充分利用好畜禽糞便這一資源優勢，加大有機農業、綠色農業和生態農業的發展力度，打響品牌，提升農業整體效益。
3建立病死畜禽收集和集中無害化處理制度
隨著畜禽養殖量的增加，若按2％～3％的死亡率估算，全年需處理的病死畜禽數量十分可觀，如隨意丟棄，不僅會帶來大量的細菌和病毒污染。存在較大的衛生安全隱患，同時也會污染周邊環境，如今由于沒有可行的無害化處理場所和制度，處理矛盾多、難度也大，單靠鄉鎮獸醫人員工作很難及時妥善有效解決，應建立相應的病死畜禽收集和集中無害化處置制度。
4建立沼液處理合作社
由于沼液是畜禽糞便經過高溫發酵而形成的，因而它是優質的優質肥料，花卉苗木、茶葉、蔬菜及優質稻米生產基地均需要大量的有機肥源，對此，農林部門可拓寬現有沼氣協會的服務功能，配備適量的槽罐運輸車，可將沼液源源不斷運往集中連片的種植區，對所需經費，可采取政府補一點、養殖企業收一點、種植業企業收一點的方法予以解決。這樣將一方面解決了沼液無處使用難以排放的壓力，另一方面又為種植業提供了大量優質的有機肥源，一舉多得。
5完善法律法規
對現有的《畜禽養殖污染防治意見》應加以完善，對發展畜禽養殖要設定相應的門檻，并建立較為規范的審批制度，制定必要的建設標準，對新發展養殖戶要簽訂糞便治理責任狀。對違規違法行為要有明確的罰則，使畜牧業的發展納入規范化、制度化、法制化牟力道。
