種蛋的存放的操作過程一般包括五個步驟，分別為選擇、保存、包裝、運榆與消毒。
　　（1）科學的選擇：種蛋的來源應該是生產性能高而繁 繁殖力強和健康無病的柴肉種雞群。新鮮的種蛋是提高孵化率 和健雛率的關鍵。所以種蛋越新鮮越好，一般夏季存放不超過7天，其他季節不超過15天。
　　蛋殼的顏色是重要的品種特征之一，應符合柴肉雞品種要求。繭殼顏色為淺褐色或綠色，若出現異常顏色均不能采用。
　　蛋的形狀大小也要符合品種要求，一般以50克左右為宜。超出標準范圍110％的蛋不宜作種蛋用。蛋重過小，雛雞體重小，體質弱，成活率低：蛋貢過大，則蛋殼較薄易破損、孵化率低。種蛋大小均勻可使出殼時間集中，雛雞均勻一致。蛋形為橢圓、大小頭分明有為好，過長過園、腰鼓狀、橄欖狀（兩頭尖）、沙殼、鋼殼、過大過小等酌形蛋都應剔除。
　　蛋殼質量要厚薄適中，蛋殼結構應緊密均勻。厚度一般為0.33—0.35毫米之間，過厚影響蛋內水分蒸發，又難于啄殼出雛；過薄水分蒸發過快不利于胚胎發育。
　　利用照蛋檢查能直接檢出外觀不易看到的不合格種蛋。利用照蛋器借助燈光可直接檢查出裂紋蛋、雙黃蛋、沙皮蛋、氣室過大（即陳蛋）蛋、散黃蛋、血斑蛋、肉斑蛋等不合格種蛋。
　　（2）種蛋的保存：種蛋保存的好壞直接影響受精蛋的質量和孵化率。一般要求保存溫度12—18霓，濕度70％—80％，要保持室內空氣新鮮。一般認為保存時間不超過1周時不用翻蛋，超過l周時每天應困蛋1次，可明顯提高孵化率。保存時間不宜超過2周，超過2周的種蛋孵化率明顯下降，早期死胚多、弱雛也多。
　　（3）種蛋的包裝：種蛋包裝時用專用的種蛋包裝箱包裝。箱內種蛋用紙蛋托放置，每個蛋托放置30枚種蛋，這樣包裝的種蛋破損率低，便于運鋪。
　　（4）種蛋的運輸：運輸種蛋時要做到防震、防雨淋、防凍、防曬，減少破損。最好利用特制的種蛋箱運輸，用紙格一個一個隔開或特制的蛋托，每盤裝30枚，一層一層放入蛋箱內，打包擱緊，或用木箱、竹簍墊一層鋸末、麥秸、稻草等墊料放一層種蛋，壓實擠緊最后壓蓋擱牢均可。要輕裝輕卸，種蛋上不能壓重物，不能站人踩踏，防止破損。
　　（5）種蛋的消毒：種蛋在柴種雞場一般要進行1-2次消毒，入孵升溫前遠應進行徹底消毒，這對防止疾病的傳播大有好處。常用的消毒方法有熏蒸、噴霧和浸泡三大類。具體方法如下；
　　1）噴霧消毒采用對胚始發臺元影響的消毒藥，在種蛋碼盤后采用噴霧器從種蛋的上方和下方分別噴霧，使蛋殼表而的消毒液保持濕潤5分鐘。
　　2）浸泡消毒多用高錳酸鉀或新潔而滅溶液，前者易使蛋殼氧化褪色變暗，不易照蛋。多用新潔麗滅浸泡，即用5％的新潔而滅原液加50倍清潔溫水（40—43度）配成0.1％的消疼液，把種蛋放進去或把碼好盤的種蛋帶盤一起故人浸泡5分鐘，即可裝入機器孵化。
　　3）熏蒸法多采用福爾馬林（甲醛）熏蒸法。方法是把種蛋碼盤故入孵化器內關閉進出氣口及門升溫達25—30度時，在機內底板上放一體積比福爾馬林量大10 倍的搪瓷瓦盆或陶瓷盆，計算好孵化器的容積，校每立方米空間15克高錳酸鉀稱量放人盆內，再校每立方米空間30毫升的福爾馬林加入盆內，立即關閉孵化機門，使氣體充滿整個機內，消毒30分鐘后打開機門取出盆子，打開風機讓有害氣體排出。開始正式升溫。