二重感染，亦稱菌群失調癥。在正常情況下，人們處于一個龐大的微生物生存的環境中，人體的皮膚黏膜和與外界相通的腔道，如口腔、鼻、咽、腸道、泌尿生殖道等處，都寄生著大量的細菌，這些數量繁多的細菌，與人體既相互依存又相互制約，對人體不但無害，反而有益。其中腸道的正常菌群，在食物的消化吸收過程中起著重要的促進作用，而且，腸道正常的菌群還對危害人體健康的致病菌有著強大的抑制作用，可以有效地抑制它們的生長繁殖，這對人體來說是非常重要的，在醫學上稱為生態平衡。抗菌藥物特別是廣譜抗菌藥物的應用，往往使體內的敏感菌受到抑制，而使耐藥菌乘機在體內繁殖生長，導致二重感染。也就是說，本來用抗菌藥物想殺滅致病菌，結果反遭至更嚴重的細菌感染，其中，耐苯唑西林的金黃色葡萄球菌（MRSA）、耐萬古霉素的腸球菌（VRE）、產超廣譜beta－內酰胺酶（ESBLs）和ApmC酶的革蘭陰性桿菌、念珠菌、曲霉菌是二重感染的主要病原。由MRSA所致的二重感染，包括肺炎、心內膜炎、脈管炎、燒傷、術后傷口感染等。
